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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hg1 | ||||||
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タイトル | The structure of MPXV polymerase holoenzyme in replicating state | ||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION/DNA / MPXV / Polymerase / Replication / REPLICATION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA-templated DNA replication / DNA recombination / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Monkeypox virus (サル痘ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Peng, Q. / Xie, Y.F. / Kuai, L. / Wang, H. / Qi, J.X. / Gao, F. / Shi, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2023 タイトル: Structure of monkeypox virus DNA polymerase holoenzyme. 著者: Qi Peng / Yufeng Xie / Lu Kuai / Han Wang / Jianxun Qi / George F Gao / Yi Shi / 要旨: The World Health Organization declared mpox (or monkeypox) a public health emergency of international concern in July 2022, and prophylactic and therapeutic measures are in urgent need. The monkeypox ...The World Health Organization declared mpox (or monkeypox) a public health emergency of international concern in July 2022, and prophylactic and therapeutic measures are in urgent need. The monkeypox virus (MPXV) has its own DNA polymerase F8, together with the processive cofactors A22 and E4, constituting the polymerase holoenzyme for genome replication. Here, we determined the holoenzyme structure in complex with DNA using cryo-electron microscopy at the global resolution of ~2.8 angstroms. The holoenzyme possesses an architecture that suggests a "forward sliding clamp" processivity mechanism for viral DNA replication. MPXV polymerase has a DNA binding mode similar to that of other B-family DNA polymerases from different species. These findings reveal the mechanism of the MPXV genome replication and may guide the development of anti-poxvirus drugs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hg1.cif.gz | 348.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hg1.ent.gz | 269.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hg1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hg1_validation.pdf.gz | 463.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hg1_full_validation.pdf.gz | 476.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8hg1_validation.xml.gz | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hg1_validation.cif.gz | 49 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hg1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/8hg1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34731MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 119939.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: POL, MPXV-M2940_FCT-055, MPXV-M2957_Lagos-055, MPXV-M3021_Delta-055, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-048, MPXV-Singapore-055, MPXV-UK_P1-055, MPXV-UK_P2-055, MPXV-UK_P3-055, MPXV298464_038, PDLMKLCO_00060 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: A0A2L0AR76, DNA-directed DNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 25107.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: E4R, UNG, MPXV-CAM1990_02-093, MPXV-Congo_8-094, MPXV-COP-095, MPXV-GAB1988_001-094, MPXV-Ikubi-093, MPXV-M2940_FCT-099, MPXV-M2957_Lagos-099, MPXV-M3021_Delta-099, MPXV-M5320_M15_Bayelsa- ...遺伝子: E4R, UNG, MPXV-CAM1990_02-093, MPXV-Congo_8-094, MPXV-COP-095, MPXV-GAB1988_001-094, MPXV-Ikubi-093, MPXV-M2940_FCT-099, MPXV-M2957_Lagos-099, MPXV-M3021_Delta-099, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-092, MPXV-Nig_SEV71_2_82-094, MPXV-PCH-096, MPXV-Singapore-099, MPXV-SL-095, MPXV-UK_P1-099, MPXV-UK_P2-099, MPXV-UK_P3-099, MPXV-USA2003_099_GR-099, MPXV-USA2003_206_DM-099, MPXV-USA2003_223_RS-099, MPXV-UTC-090, MPXV-W_Nigeria-094, MPXV-WRAIR095, MPXV297957_090, MPXV298464_081, MPXV_DRC_Yandongi_102, MPXV_LIB1970_184_106, MPXV_RCG2003_358_106, MPXV_SUD2005_01_102, MPXV_USA2003_039_106, MPXV_USA2003_044_106, MPXV_ZAI1979_005_106, MPXVgp101, PDLMKLCO_00104 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q5IXS4, uracil-DNA glycosylase |
#3: タンパク質 | 分子量: 49203.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) 遺伝子: A22R, MPXV-COP-126, MPXV-M2940_FCT-131, MPXV-M2957_Lagos-131, MPXV-M3021_Delta-131, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-124, MPXV-Nig_SEV71_2_82-126, MPXV-PCH-128, MPXV-Singapore-131, MPXV-SL-126, MPXV- ...遺伝子: A22R, MPXV-COP-126, MPXV-M2940_FCT-131, MPXV-M2957_Lagos-131, MPXV-M3021_Delta-131, MPXV-M5320_M15_Bayelsa-124, MPXV-Nig_SEV71_2_82-126, MPXV-PCH-128, MPXV-Singapore-131, MPXV-SL-126, MPXV-UK_P1-131, MPXV-UK_P2-131, MPXV-UK_P3-131, MPXV-USA2003_099_GR-131, MPXV-USA2003_206_DM-131, MPXV-USA2003_223_RS-131, MPXV-UTC-122, MPXV-W_Nigeria-126, MPXV-WRAIR126, MPXV297957_122, MPXV298464_113, MPXV_LIB1970_184_138, MPXV_USA2003_039_138, MPXV_USA2003_044_138, PDLMKLCO_00135 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q5IXP2 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 PT
#4: DNA鎖 | 分子量: 7681.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
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#5: DNA鎖 | 分子量: 11677.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
-非ポリマー , 2種, 2分子
#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#7: 化合物 | ChemComp-TTP / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MPXV DNA polymerase holoenzyme / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera (蝶・蛾) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43819 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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