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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hf6 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of nucleotide-bound ComA E647Q mutant | ||||||
要素 | Competence factor transporting ATP-binding protein/permease ComA | ||||||
キーワード | HYDROLASE / TRANSLOCASE / ABC transporter / PCAT / MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC-type bacteriocin transporter activity / ATPase-coupled lipid transmembrane transporter activity / cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, L. / Xin, X. / Min, L. | ||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis of peptide secretion for Quorum sensing by ComA. 著者: Lin Yu / Xin Xu / Wan-Zhen Chua / Hao Feng / Zheng Ser / Kai Shao / Jian Shi / Yumei Wang / Zongli Li / Radoslaw M Sobota / Lok-To Sham / Min Luo / 要旨: Quorum sensing (QS) is a crucial regulatory mechanism controlling bacterial signalling and holds promise for novel therapies against antimicrobial resistance. In Gram-positive bacteria, such as ...Quorum sensing (QS) is a crucial regulatory mechanism controlling bacterial signalling and holds promise for novel therapies against antimicrobial resistance. In Gram-positive bacteria, such as Streptococcus pneumoniae, ComA is a conserved efflux pump responsible for the maturation and secretion of peptide signals, including the competence-stimulating peptide (CSP), yet its structure and function remain unclear. Here, we functionally characterize ComA as an ABC transporter with high ATP affinity and determined its cryo-EM structures in the presence or absence of CSP or nucleotides. Our findings reveal a network of strong electrostatic interactions unique to ComA at the intracellular gate, a putative binding pocket for two CSP molecules, and negatively charged residues facilitating CSP translocation. Mutations of these residues affect ComA's peptidase activity in-vitro and prevent CSP export in-vivo. We demonstrate that ATP-Mg triggers the outward-facing conformation of ComA for CSP release, rather than ATP alone. Our study provides molecular insights into the QS signal peptide secretion, highlighting potential targets for QS-targeting drugs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hf6.cif.gz | 207.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hf6.ent.gz | 163.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hf6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hf6_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hf6_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hf6_validation.xml.gz | 40.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hf6_validation.cif.gz | 60 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hf6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34714MC 8hf4C 8hf5C 8hf7C 8k4bC 8k7aC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80432.039 Da / 分子数: 2 / 変異: E647Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌) 遺伝子: comA, AZJ70_04775, ERS019166_01078, GM529_06210, GM538_05890, GM546_02340 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0B7KN15, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ComA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pneumoniae D39 (肺炎レンサ球菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 25 mM Tris, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84972 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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