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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hf2 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of WeiTsing | |||||||||
要素 | PRA1 family protein | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Pentamer / Channel | |||||||||
機能・相同性 | membrane / Transmembrane protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.14 Å | |||||||||
データ登録者 | Qin, L. / Tang, L.H. / Chen, Y.H. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: WeiTsing, a pericycle-expressed ion channel, safeguards the stele to confer clubroot resistance. 著者: Wei Wang / Li Qin / Wenjing Zhang / Linghui Tang / Chao Zhang / Xiaojing Dong / Pei Miao / Meng Shen / Huilong Du / Hangyuan Cheng / Ke Wang / Xiangyun Zhang / Min Su / Hongwei Lu / Chang Li ...著者: Wei Wang / Li Qin / Wenjing Zhang / Linghui Tang / Chao Zhang / Xiaojing Dong / Pei Miao / Meng Shen / Huilong Du / Hangyuan Cheng / Ke Wang / Xiangyun Zhang / Min Su / Hongwei Lu / Chang Li / Qiang Gao / Xiaojuan Zhang / Yun Huang / Chengzhi Liang / Jian-Min Zhou / Yu-Hang Chen / 要旨: Plant roots encounter numerous pathogenic microbes that often cause devastating diseases. One such pathogen, Plasmodiophora brassicae (Pb), causes clubroot disease and severe yield losses on ...Plant roots encounter numerous pathogenic microbes that often cause devastating diseases. One such pathogen, Plasmodiophora brassicae (Pb), causes clubroot disease and severe yield losses on cruciferous crops worldwide. Here, we report the isolation and characterization of WeiTsing (WTS), a broad-spectrum clubroot resistance gene from Arabidopsis. WTS is transcriptionally activated in the pericycle upon Pb infection to prevent pathogen colonization in the stele. Brassica napus carrying the WTS transgene displayed strong resistance to Pb. WTS encodes a small protein localized in the endoplasmic reticulum (ER), and its expression in plants induces immune responses. The cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of WTS revealed a previously unknown pentameric architecture with a central pore. Electrophysiology analyses demonstrated that WTS is a calcium-permeable cation-selective channel. Structure-guided mutagenesis indicated that channel activity is strictly required for triggering defenses. The findings uncover an ion channel analogous to resistosomes that triggers immune signaling in the pericycle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hf2.cif.gz | 109.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hf2.ent.gz | 85.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hf2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hf2_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hf2_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hf2_validation.xml.gz | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hf2_validation.cif.gz | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/8hf2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34710MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16003.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AN1_LOCUS3247, C24_LOCUS3162 / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: A0A654EJS8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: WeiTsing / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3689: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 117360 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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