+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hd0 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cell divisome sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / bacterial cell divison / divisome PG hydrolysis / ABC transporter / Regulator | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 division septum / divisome complex / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / Gram-negative-bacterium-type cell wall / septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / extrinsic component of membrane ...division septum / divisome complex / peptidoglycan-based cell wall biogenesis / Gram-negative-bacterium-type cell wall / septum digestion after cytokinesis / peptidoglycan turnover / plasma membrane protein complex / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / extrinsic component of membrane / cell division site / ATPase complex / positive regulation of cell division / transmembrane transporter activity / response to radiation / transmembrane transport / metalloendopeptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / hydrolase activity / response to xenobiotic stimulus / cell division / response to antibiotic / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, Z. / Chen, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insight into the septal peptidoglycan hydrolysis machinery of bacterial cell division 著者: Zhang, Z. / Dong, H. / Chen, Y. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hd0.cif.gz | 251.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8hd0.ent.gz | 187.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hd0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hd0_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8hd0_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hd0_validation.xml.gz | 61 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hd0_validation.cif.gz | 91.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hd/8hd0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34668MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24475.295 Da / 分子数: 2 / 変異: E163Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: ftsE, b3463, JW3428 / Variant: MG1655 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0A9R7 #2: タンパク質 | 分子量: 38583.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: ftsX, ftsS, b3462, JW3427 / Variant: MG1655 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P0AC30 #3: タンパク質 | | 分子量: 46661.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: envC, yibP, b3613, JW5646 / Variant: MG1655 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P37690 #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bacterial divisom sPG hydrolysis machinery FtsEX-EnvC タイプ: COMPLEX 詳細: Bacterial cell division septal peptidoglycon hydrolysis mechinary complex FtsEX=EnvC Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.126 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞: C43 / プラスミド: pET28a |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1455436 / クラス平均像の数: 30 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL |