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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hbw | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of human UCP1 in the ATP-bound state | ||||||||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / UCP1 / SLC25A7 / thermogenin / SLC25 | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() purine ribonucleotide binding / cellular response to dehydroepiandrosterone / The fatty acid cycling model / : / oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial transmembrane transport / adaptive thermogenesis / cardiolipin binding / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to cold ...purine ribonucleotide binding / cellular response to dehydroepiandrosterone / The fatty acid cycling model / : / oxidative phosphorylation uncoupler activity / mitochondrial transmembrane transport / adaptive thermogenesis / cardiolipin binding / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to cold / cellular response to fatty acid / response to temperature stimulus / long-chain fatty acid binding / diet induced thermogenesis / proton transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / brown fat cell differentiation / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / cellular response to hormone stimulus / proton transmembrane transport / response to cold / response to nutrient levels / cellular response to reactive oxygen species / GDP binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / mitochondrial inner membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / GTP binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Chen, L. / Kang, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the binding of DNP and purine nucleotides onto UCP1. 著者: Yunlu Kang / Lei Chen / ![]() 要旨: Uncoupling protein 1 (UCP1) conducts protons through the inner mitochondrial membrane to uncouple mitochondrial respiration from ATP production, thereby converting the electrochemical gradient of ...Uncoupling protein 1 (UCP1) conducts protons through the inner mitochondrial membrane to uncouple mitochondrial respiration from ATP production, thereby converting the electrochemical gradient of protons into heat. The activity of UCP1 is activated by endogenous fatty acids and synthetic small molecules, such as 2,4-dinitrophenol (DNP), and is inhibited by purine nucleotides, such as ATP. However, the mechanism by which UCP1 binds to these ligands remains unknown. Here we present the structures of human UCP1 in the nucleotide-free state, the DNP-bound state and the ATP-bound state. The structures show that the central cavity of UCP1 is open to the cytosolic side. DNP binds inside the cavity, making contact with transmembrane helix 2 (TM2) and TM6. ATP binds in the same cavity and induces conformational changes in TM2, together with the inward bending of TM1, TM4, TM5 and TM6 of UCP1, resulting in a more compact structure of UCP1. The binding site of ATP overlaps with that of DNP, suggesting that ATP competitively blocks the functional engagement of DNP, resulting in the inhibition of the proton-conducting activity of UCP1. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34645MC ![]() 8hbvC ![]() 8j1nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39468.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||
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#2: 抗体 | 分子量: 15004.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-CDL / | ||
#5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: UCP1-sybody complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 545929 / 対称性のタイプ: POINT |