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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hau | ||||||
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タイトル | NARROW LEAF 1 from Indica | ||||||
要素 | Protein NARROW LEAF 1 | ||||||
キーワード | SURFACTANT PROTEIN / Rice / panicle shape / photosynthetic efficiency / auxin transport | ||||||
機能・相同性 | stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / Peptidase S1, PA clan / nucleoplasm / cytoplasm / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Oryza sativa Indica Group (イネ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, S.J. / He, Y.J. / Wang, N. / Zhang, W.J. / Liu, C.M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: NARROW LEAF 1 from Indica 著者: Zhang, S.J. / He, Y.J. / Wang, N. / Zhang, W.J. / Liu, C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hau.cif.gz | 400.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hau.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8hau.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8hau_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8hau_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8hau_validation.xml.gz | 71.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8hau_validation.cif.gz | 101.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8hau ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/8hau | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34609MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39533.832 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Indica Group (イネ) / 遺伝子: OsI_17391 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A2XXI5 #2: 化合物 | ChemComp-ATP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: NARROW LEAF 1 from Indica / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 379.37 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Oryza sativa Indica Group (イネ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: The grid was coated with gold prior to use / グリッドの材料: NICKEL / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: Vitrification carried out in Ethane |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 57000 X / 倍率(補正後): 57000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
撮影 | 平均露光時間: 1.68 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3179 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF amplitude correction wae performed following 3D reconstruction タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2347148 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D3 (2回x3回 2面回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1273195 / アルゴリズム: FOURIER SPACE 詳細: The version 4.0.2 of the cryoSPARC program was used for the reconstruction クラス平均像の数: 3 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 192.4 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / 詳細: Initial local fitting was done using ChimeraX | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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