PDB-8h8d: Structure of Xenopus tropicalis acid-sensitive outwardly rectifyi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8h8d

タイトル

Structure of Xenopus tropicalis acid-sensitive outwardly rectifying channel ASOR trimer bound with tRNA (intermediate state)

要素

Proton-activated chloride channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Chloride Channel tRNA Complex

機能・相同性

pH-gated chloride channel activity / TMEM206 protein / TMEM206 protein family / chloride transport / chloride channel complex / cell surface / plasma membrane / Proton-activated chloride channel

機能・相同性情報

生物種

Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.26 Å

データ登録者

Chi, P. / Wang, X. / Li, J. / Li, K. / Zhang, Y. / Geng, J. / Wu, J. / Deng, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Xenopus tropicalis acid-sensitive outwardly rectifying channel ASOR trimer bound with tRNA (intermediate state)
著者: Chi, P. / Wang, X. / Li, J. / Li, K. / Zhang, Y. / Geng, J. / Wu, J. / Deng, D.

履歴

登録	2022年10月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8h8d.cif.gz	164.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8h8d.ent.gz	130.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8h8d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8h8d_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8h8d_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8h8d_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	8h8d_validation.cif.gz	55.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h8/8h8d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	34543MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Proton-activated chloride channel

B: Proton-activated chloride channel

C: Proton-activated chloride channel

123 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

#1: タンパク質	Proton-activated chloride channel / PAC / Transmembrane protein 206 分子量: 41031.789 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル) 遺伝子: pacc1, tmem206 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q0V9Z3

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Complex of Xenopus tropical acid-sensitive outwardly rectifying channel ASOR trimer and tRNA in GDN タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞: Sf9
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 4.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53188 / 対称性のタイプ: POINT

精密化

交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

原子変位パラメータ

B_iso mean: 223.16 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	7243
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.803	9793
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.799	928
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.043	1064
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	1229

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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