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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8h7g | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human SAGA complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / epigenetics | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / : / : / : / : / SAGA-type complex / : / regulation of somatic stem cell population maintenance / SAGA complex assembly ...: / : / : / : / : / : / SAGA-type complex / : / regulation of somatic stem cell population maintenance / SAGA complex assembly / lateral mesodermal cell differentiation / allantois development / pre-snoRNP complex / transcription factor TFTC complex / Swr1 complex / SLIK (SAGA-like) complex / regulation of double-strand break repair / splicing factor binding / U12-type spliceosomal complex / negative regulation of microtubule depolymerization / hepatocyte differentiation / positive regulation of response to cytokine stimulus / maintenance of protein location in nucleus / RNA splicing, via transesterification reactions / C2H2 zinc finger domain binding / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / RNA polymerase binding / box C/D snoRNP assembly / SAGA complex / U2 snRNP / limb development / transcription preinitiation complex / response to L-glutamate / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / NuA4 histone acetyltransferase complex / precatalytic spliceosome / nucleus organization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of RNA splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / histone deacetylase complex / MLL1 complex / transcription factor TFIID complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / histone acetyltransferase complex / embryonic placenta development / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / U2 snRNA binding / regulation of DNA repair / somitogenesis / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / gastrulation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / visual perception / TBP-class protein binding / catalytic step 2 spliceosome / response to interleukin-1 / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / promoter-specific chromatin binding / nuclear estrogen receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription coregulator activity / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / spliceosomal complex / mRNA transcription by RNA polymerase II / multicellular organism growth / negative regulation of protein catabolic process / autophagy / nuclear matrix / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / mRNA splicing, via spliceosome / microtubule cytoskeleton organization / G1/S transition of mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / nucleosome / p53 binding / chromatin organization / HATs acetylate histones / ATPase binding / regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Huang, J. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of human SAGA transcriptional coactivator complex. 著者: Yuzhu Zhang / Changping Yin / Yue Yin / Mengqi Wei / Wei Jing / Chao Peng / Zhengjun Chen / Jing Huang / ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 955.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 171.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 261.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34520MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 6種, 6分子 CGHIKL
#1: タンパク質 | 分子量: 438139.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#6: タンパク質 | 分子量: 41797.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Author stated that the 1-39 residues in entity 6 is from the 3xFlag tag and a 3C protease cleavage site 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 66223.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 50705.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Author stated that a twin-strep tag and a TEV cleavage site was included C-terminal 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 67903.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 95597.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Splicing factor 3B subunit ... , 2種, 2分子 AB
#2: タンパク質 | 分子量: 135718.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 10149.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-Transcription ... , 5種, 5分子 DEMOR
#4: タンパク質 | 分子量: 85884.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#5: タンパク質 | 分子量: 35840.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 29006.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 21731.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 17948.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 X
#13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1635.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Author stated that the EM density could not allow model building with confident chain identity 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: human SAGA transcriptional coactivator complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 1.4 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 378168 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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