+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gzh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSCRIPTION/DNA/RNA / Cryo-EM / Synechocystis sp. PCC 6803 / Syn6803 / Transcription initiation / CTP-bound RPitc / Transcription / Cyanobacteria / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å | ||||||
![]() | You, L.L. / Shen, L.Q. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc 著者: You, L.L. / Shen, L.Q. / Zhang, Y. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 856.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 651.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 98.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 158.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 34398MC ![]() 8gzgC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 5種, 6分子 ABCDEZ
#1: タンパク質 | 分子量: 36657.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: rpoA, sll1818 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | | 分子量: 123719.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: rpoB, sll1787 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 71072.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: rpoC1, slr1265 / 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 8749.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: rpoZ, ssl2982 / 発現宿主: ![]() ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 145371.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: rpoC2, sll1789 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-DNA鎖 , 2種, 2分子 12
#7: DNA鎖 | 分子量: 20810.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
---|---|
#8: DNA鎖 | 分子量: 20673.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 F3
#5: タンパク質 | 分子量: 50335.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: sigA, rpoD, rpoD1, slr0653 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#9: RNA鎖 | 分子量: 1239.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 5分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CTP.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CTP.gif)
#10: 化合物 | #11: 化合物 | #12: 化合物 | ChemComp-CTP / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: The complex of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.5 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 295 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2297 |
-
解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 681334 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145731 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |