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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gzg | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 RPitc | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA/RNA / Cryo-EM / Synechocystis sp. PCC 6803 / Syn6803 / Transcription initiation / RPitc / Transcription / Cyanobacteria / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å | ||||||
データ登録者 | Shen, L.Q. / You, L.L. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of Synechocystis sp. PCC 6803 CTP-bound RPitc 著者: Shen, L.Q. / You, L.L. / Zhang, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gzg.cif.gz | 850 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gzg.ent.gz | 644.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gzg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gzg_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gzg_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gzg_validation.xml.gz | 98.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gzg_validation.cif.gz | 155.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/8gzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/8gzg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 5種, 6分子 ABCDEZ
#1: タンパク質 | 分子量: 36657.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: rpoA, sll1818 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73297, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 123719.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: rpoB, sll1787 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P77965, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 71072.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: rpoC1, slr1265 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P74177, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 8749.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: rpoZ, ssl2982 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P74352, DNA-directed RNA polymerase #6: タンパク質 | | 分子量: 145371.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: rpoC2, sll1789 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P73334, DNA-directed RNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 12
#7: DNA鎖 | 分子量: 20810.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 20673.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 F3
#5: タンパク質 | 分子量: 50335.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: sigA, rpoD, rpoD1, slr0653 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P74565 |
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#9: RNA鎖 | 分子量: 1240.802 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 3分子
#10: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#11: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The complex of Synechocystis sp. PCC 6803 RPitc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.5 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 53.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3432 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 473353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 157889 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |