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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gv3 | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of GSNOR with NYY001 | |||||||||
要素 | Alcohol dehydrogenase class-3 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Alcohol dehydrogenase class-3 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / fatty acid omega-oxidation / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / response to nitrosative stress / Ethanol oxidation / respiratory system process ...formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / fatty acid omega-oxidation / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / response to nitrosative stress / Ethanol oxidation / respiratory system process / : / positive regulation of blood pressure / alcohol dehydrogenase / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / response to redox state / retinoid metabolic process / fatty acid binding / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Xia, Y. / Zhang, Q. / Yao, D. / Zhao, S. / Xie, L. / Ji, Y. / Cao, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The cryo-EM structure of GSNOR with NYY001 著者: Cao, Y. / Xia, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gv3.cif.gz | 138.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gv3.ent.gz | 106.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gv3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/8gv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/8gv3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 34282MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39901.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADH5, ADHX, FDH / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P11766, alcohol dehydrogenase, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Alcohol dehydrogenase class-3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 26000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 10000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 288334 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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