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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gsp | ||||||
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タイトル | Complex of FMDV A/WH/CHA/09 and bovine neutralizing scFv antibody W2 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS / FMDV | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translation ...icosahedral viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | ||||||
データ登録者 | He, Y. / Li, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023 タイトル: Conserved antigen structures and antibody-driven variations on foot-and-mouth disease virus serotype A revealed by bovine neutralizing monoclonal antibodies. 著者: Kun Li / Yong He / Li Wang / Pinghua Li / Huifang Bao / Shulun Huang / Shasha Zhou / Guoqiang Zhu / Yali Song / Ying Li / Sheng Wang / Qianliang Zhang / Pu Sun / Xingwen Bai / Zhixun Zhao / ...著者: Kun Li / Yong He / Li Wang / Pinghua Li / Huifang Bao / Shulun Huang / Shasha Zhou / Guoqiang Zhu / Yali Song / Ying Li / Sheng Wang / Qianliang Zhang / Pu Sun / Xingwen Bai / Zhixun Zhao / Zhiyong Lou / Yimei Cao / Zengjun Lu / Zaixin Liu / 要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) serotype A is antigenically most variable within serotypes. The structures of conserved and variable antigenic sites were not well resolved. Here, a historical ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) serotype A is antigenically most variable within serotypes. The structures of conserved and variable antigenic sites were not well resolved. Here, a historical A/AF72 strain from A22 lineage and a latest A/GDMM/2013 strain from G2 genotype of Sea97 lineage were respectively used as bait antigen to screen single B cell antibodies from bovine sequentially vaccinated with A/WH/CHA/09 (G1 genotype of Sea97 lineage), A/GDMM/2013 and A/AF72 antigens. Total of 39 strain-specific and 5 broad neutralizing antibodies (bnAbs) were isolated and characterized. Two conserved antigenic sites were revealed by the Cryo-EM structures of FMDV serotype A with two bnAbs W2 and W125. The contact sites with both VH and VL of W125 were closely around icosahedral threefold axis and covered the B-C, E-F, and H-I loops on VP2 and the B-B knob and H-I loop on VP3; while contact sites with only VH of W2 concentrated on B-B knob, B-C and E-F loops on VP3 scattering around the three-fold axis of viral particle. Additional highly conserved epitopes also involved key residues of VP158, VP1147 and both VP272 / VP1147 as determined respectively by bnAb W153, W145 and W151-resistant mutants. Furthermore, the epitopes recognized by 20 strain-specific neutralization antibodies involved the key residues located on VP3 68 for A/AF72 (11/20) and VP3 175 position for A/GDMM/2013 (9/19), respectively, which revealed antigenic variation between different strains of serotype A. Analysis of antibody-driven variations on capsid of two virus strains showed a relatively stable VP2 and more variable VP3 and VP1. This study provided important information on conserve and variable antigen structures to design broad-spectrum molecular vaccine against FMDV serotype A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gsp.cif.gz | 167.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gsp.ent.gz | 129.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gsp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gsp_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gsp_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gsp_validation.xml.gz | 50 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gsp_validation.cif.gz | 68.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/8gsp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/8gsp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 34238MC 8grrC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 5
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| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 1234
#1: タンパク質 | 分子量: 23402.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) 参照: UniProt: E7D6A4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24541.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) 参照: UniProt: A0A890YS21 |
#3: タンパク質 | 分子量: 24157.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) 参照: UniProt: A0A890YS45 |
#4: タンパク質 | 分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス) 参照: UniProt: W5RSR2 |
-抗体 , 2種, 2分子 HL
#5: 抗体 | 分子量: 13989.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 |
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#6: 抗体 | 分子量: 12870.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.63 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21999 / 対称性のタイプ: POINT |