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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gsc | ||||||
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タイトル | Echovirus3 A-particle in complex with 6D10 Fab | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS/IMMUNE SYSTEM / E3 Full particle / Echovirus3 Full particle / antibody / 6D10 / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host gene expression / monoatomic ion channel activity / DNA replication / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Echovirus E3 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Fu, W. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2022 タイトル: Structural Basis for the Immunogenicity of the C-Terminus of VP1 of Echovirus 3 Revealed by the Binding of a Neutralizing Antibody. 著者: Shuai Qi / Wangjun Fu / Jinyan Fan / Li Zhang / Binyang Zheng / Kang Wang / Xiangxi Wang / Ling Zhu / Xinjian Li / Yuxia Zhang / 要旨: Echovirus 3 (E3), a serotype of human enterovirus B (HEV-B), causes severe diseases in infants. Here, we determined the structures of E3 with a monoclonal antibody (MAb) 6D10 by cryo-EM to ...Echovirus 3 (E3), a serotype of human enterovirus B (HEV-B), causes severe diseases in infants. Here, we determined the structures of E3 with a monoclonal antibody (MAb) 6D10 by cryo-EM to comprehensively understand the specificities and the immunological characteristic of this serotype. The solved cryo-EM structures of the F-, A-, and E-particles of E3 bound with 6D10 revealed the structural features of the virus-antibody interface. Importantly, the structures of E-particles bound with 6D10 revealed for the first time the nature of the C-terminus of VP1 for HEV-Bs at the structural level. The highly immunogenic nature of this region in the E-particles provides new strategies for vaccine development for HEV-Bs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gsc.cif.gz | 175.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gsc.ent.gz | 139.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gsc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gsc_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8gsc_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gsc_validation.xml.gz | 39.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gsc_validation.cif.gz | 56.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/8gsc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/8gsc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
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3 |
| x 5
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| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26940.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A060BFD5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27716.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A6M4MJE3 |
#3: タンパク質 | 分子量: 25896.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echovirus E3 (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0K0LDT3 |
#4: タンパク質 | 分子量: 12938.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
#5: 抗体 | 分子量: 12652.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55687 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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