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- PDB-8grr: Complex of FMDV A/WH/CHA/09 and bovine neutralizing scFv antibody W125 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8grr
タイトルComplex of FMDV A/WH/CHA/09 and bovine neutralizing scFv antibody W125
要素
  • A/WH/CHA/09 VP1
  • A/WH/CHA/09 VP2
  • A/WH/CHA/09 VP3
  • A/WH/CHA/09 VP4
  • IG HEAVY CHAIN VARIABLE REGION
  • IG LAMDA CHAIN VARIABLE REGION
キーワードVIRUS / FOOT AND MOUTH DISEASE VIRUS / FMDV
機能・相同性
機能・相同性情報


icosahedral viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translation ...icosahedral viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / regulation of translation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / viral protein processing / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者He, Y. / Kun, L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: Conserved antigen structures and antibody-driven variations on foot-and-mouth disease virus serotype A revealed by bovine neutralizing monoclonal antibodies.
著者: Kun Li / Yong He / Li Wang / Pinghua Li / Huifang Bao / Shulun Huang / Shasha Zhou / Guoqiang Zhu / Yali Song / Ying Li / Sheng Wang / Qianliang Zhang / Pu Sun / Xingwen Bai / Zhixun Zhao / ...著者: Kun Li / Yong He / Li Wang / Pinghua Li / Huifang Bao / Shulun Huang / Shasha Zhou / Guoqiang Zhu / Yali Song / Ying Li / Sheng Wang / Qianliang Zhang / Pu Sun / Xingwen Bai / Zhixun Zhao / Zhiyong Lou / Yimei Cao / Zengjun Lu / Zaixin Liu /
要旨: Foot-and-mouth disease virus (FMDV) serotype A is antigenically most variable within serotypes. The structures of conserved and variable antigenic sites were not well resolved. Here, a historical ...Foot-and-mouth disease virus (FMDV) serotype A is antigenically most variable within serotypes. The structures of conserved and variable antigenic sites were not well resolved. Here, a historical A/AF72 strain from A22 lineage and a latest A/GDMM/2013 strain from G2 genotype of Sea97 lineage were respectively used as bait antigen to screen single B cell antibodies from bovine sequentially vaccinated with A/WH/CHA/09 (G1 genotype of Sea97 lineage), A/GDMM/2013 and A/AF72 antigens. Total of 39 strain-specific and 5 broad neutralizing antibodies (bnAbs) were isolated and characterized. Two conserved antigenic sites were revealed by the Cryo-EM structures of FMDV serotype A with two bnAbs W2 and W125. The contact sites with both VH and VL of W125 were closely around icosahedral threefold axis and covered the B-C, E-F, and H-I loops on VP2 and the B-B knob and H-I loop on VP3; while contact sites with only VH of W2 concentrated on B-B knob, B-C and E-F loops on VP3 scattering around the three-fold axis of viral particle. Additional highly conserved epitopes also involved key residues of VP158, VP1147 and both VP272 / VP1147 as determined respectively by bnAb W153, W145 and W151-resistant mutants. Furthermore, the epitopes recognized by 20 strain-specific neutralization antibodies involved the key residues located on VP3 68 for A/AF72 (11/20) and VP3 175 position for A/GDMM/2013 (9/19), respectively, which revealed antigenic variation between different strains of serotype A. Analysis of antibody-driven variations on capsid of two virus strains showed a relatively stable VP2 and more variable VP3 and VP1. This study provided important information on conserve and variable antigen structures to design broad-spectrum molecular vaccine against FMDV serotype A.
履歴
登録2022年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: A/WH/CHA/09 VP1
2: A/WH/CHA/09 VP2
3: A/WH/CHA/09 VP3
4: A/WH/CHA/09 VP4
H: IG HEAVY CHAIN VARIABLE REGION
L: IG LAMDA CHAIN VARIABLE REGION


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1856
ポリマ－108,1856
非ポリマー00
水00
1
1: A/WH/CHA/09 VP1
2: A/WH/CHA/09 VP2
3: A/WH/CHA/09 VP3
4: A/WH/CHA/09 VP4
H: IG HEAVY CHAIN VARIABLE REGION
L: IG LAMDA CHAIN VARIABLE REGION
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,491,110360
ポリマ－6,491,110360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: A/WH/CHA/09 VP1
2: A/WH/CHA/09 VP2
3: A/WH/CHA/09 VP3
4: A/WH/CHA/09 VP4
H: IG HEAVY CHAIN VARIABLE REGION
L: IG LAMDA CHAIN VARIABLE REGION
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 541 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)540,92630
ポリマ－540,92630
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: A/WH/CHA/09 VP1
2: A/WH/CHA/09 VP2
3: A/WH/CHA/09 VP3
4: A/WH/CHA/09 VP4
H: IG HEAVY CHAIN VARIABLE REGION
L: IG LAMDA CHAIN VARIABLE REGION
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 649 kDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)649,11136
ポリマ－649,11136
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 1234

#1: タンパク質 A/WH/CHA/09 VP1


分子量: 23402.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス)
参照: UniProt: E7D6A4
#2: タンパク質 A/WH/CHA/09 VP2


分子量: 24541.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス)
参照: UniProt: A0A890YS21
#3: タンパク質 A/WH/CHA/09 VP3


分子量: 24157.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス)
参照: UniProt: A0A890YS45
#4: タンパク質 A/WH/CHA/09 VP4


分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス)
参照: UniProt: E9NHA3

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#5: 抗体 IG HEAVY CHAIN VARIABLE REGION


分子量: 14604.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#6: 抗体 IG LAMDA CHAIN VARIABLE REGION


分子量: 12701.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21

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詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Foot-and-mouth disease virusCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2Foot-and-mouth disease virusCOMPLEX#1-#41NATURAL
3Ig chainCOMPLEX#5-#61RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Foot-and-mouth disease virus A (ウイルス)12111
33Bos taurus (ウシ)9913
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 26 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12646 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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