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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gnh | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| タイトル | Complex structure of BD-218 and Spike protein | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/ANTIVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Neutralizing monoclonal antibody / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular region / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / positive regulation of viral entry into host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 生物種 | ![]() Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Wang, B. / Xu, H. / Su, X.D. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2023タイトル: Human antibody BD-218 has broad neutralizing activity against concerning variants of SARS-CoV-2. 著者: Bo Wang / Hua Xu / Zi-Teng Liang / Tian-Ning Zhao / Xin Zhang / Tian-Bo Peng / You-Chun Wang / Xiao-Dong Su / ![]() 要旨: As SARS-CoV-2 variants of concern (VOC) reduce the effectiveness of existing anti-COVID therapeutics, it is increasingly critical to identify highly potent neutralizing antibodies (nAbs) that bind to ...As SARS-CoV-2 variants of concern (VOC) reduce the effectiveness of existing anti-COVID therapeutics, it is increasingly critical to identify highly potent neutralizing antibodies (nAbs) that bind to conserved regions across multiple variants, especially beta, delta, and omicron variants. Using single-cell sequencing with biochemical methods and pseudo-typed virus neutralization experiments, here we report the characterization of a potent nAb BD-218, identified from an early screen of patients recovering from the original virus. We have determined the cryo-EM structure of the BD-218/spike protein complex to define its epitope in detail, which revealed that BD-218 interacts with a novel epitope on the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein. We concluded that BD-218 is a highly effective and broadly active nAb against SARS-CoV-2 variants with promising potential for therapeutic development. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 8gnh.cif.gz | 603.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb8gnh.ent.gz | 481 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 8gnh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/8gnh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/8gnh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 34164MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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| 類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 F&H 検索 |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 133781.312 Da / 分子数: 3 / 変異: R682G, R683S, R685S, K986P, V987P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2#2: 抗体 | | 分子量: 34699.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)#3: 抗体 | | 分子量: 25356.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)#4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
|---|---|
| EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
| 構成要素 |
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| 分子量 | 値: 0.43 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
| 由来(天然) |
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| 由来(組換発現) |
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| 緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25mM Tris, pH 8.0, 150mM NaCl | ||||||||||||||||||||||||
| 試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
| 試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
| 急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K |
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電子顕微鏡撮影
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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| 顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
| 電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
| 電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
| 試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
| 撮影 | 電子線照射量: 1.78125 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
| ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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| EMソフトウェア | 名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
| CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
| 3次元再構成 | 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 297084 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
| 原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
| 拘束条件 |
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ムービー
コントローラー
万見について





Homo sapiens (ヒト)
中国, 1件
引用
PDBj







FIELD EMISSION GUN