PDB-8gn5: Designed pH-responsive P22 VLP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8gn5

タイトル

Designed pH-responsive P22 VLP

要素

Major capsid protein

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / P22 coat protein / designed protein

機能・相同性

Major capsid protein Gp5 / P22 coat protein - gene protein 5 / viral procapsid / viral procapsid maturation / T=7 icosahedral viral capsid / viral capsid / identical protein binding / Major capsid protein

機能・相同性情報

生物種

Lederbergvirus (ウイルス)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.02 Å

データ登録者

Kim, K.J. / Kim, G. / Bae, J.H. / Song, J.J. / Kim, H.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Adv Healthc Mater / 年: 2024
タイトル: A pH-Responsive Virus-Like Particle as a Protein Cage for a Targeted Delivery.
著者: Kwan-Jip Kim / Gijeong Kim / Jin-Ho Bae / Ji-Joon Song / Hak-Sung Kim /

要旨: A stimuli-responsive protein self-assembly offers promising utility as a protein nanocage for biotechnological and medical applications. Herein, the development of a virus-like particle (VLP) that ...

履歴

登録	2022年8月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8gn5.cif.gz	270.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8gn5.ent.gz	220 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8gn5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8gn5_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8gn5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8gn5_validation.xml.gz	43.3 KB	表示
CIF形式データ	8gn5_validation.cif.gz	67.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/8gn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/8gn5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	34155MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Major capsid protein

B: Major capsid protein

C: Major capsid protein

D: Major capsid protein

186 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法

#1: タンパク質	Major capsid protein / Gene product 5 / gp5 / Major head protein 分子量: 46401.180 Da / 分子数: 4 / 変異: S43H, E54H, E153H, N287H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lederbergvirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P26747

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Lederbergvirus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT

由来(天然)

生物種:

Lederbergvirus (ウイルス)

由来(組換発現)

生物種:

Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)

ウイルスについての詳細

中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE

天然宿主

生物種: Lederbergvirus

緩衝液

pH: 7.4 / 詳細: PBS buffer pH 7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	137 mM	sodium chloride	NaCl	1
2	2.7 mM	potassium chloride	KCl	1
3	8 mM	Sodium hydrogen phosphate	Na₂HPO₄	1
4	2 mM	Potassium dihydrogen phosphate	KH₂PO₄	1

試料

濃度: 17 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

詳細: The grid was glow discharged at 15 mA for 1 min. / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡	モデル: TFS GLACIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影	平均露光時間: 52.69 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å² / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1654

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ	詳細
1	crYOLO	粒子像選択
4	RELION	CTF補正
7	UCSF Chimera	モデルフィッティング
9	ISOLDE	モデル精密化
10	PHENIX	モデル精密化
14	PHENIX	３次元再構成	density modification was carried out at PHENIX

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING ONLY

粒子像の選択

選択した粒子像数: 25282

3次元再構成

解像度: 4.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3320 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

空間: REAL

原子モデル構築

PDB-ID: 5UU5

5uu5

Accession code: 5UU5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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