+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gk4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Multi-drug efflux pump RE-CmeB bound with Chloramphenicol | ||||||
要素 | Efflux pump membrane transporter | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / efflux pump | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2023 タイトル: Cryo-Electron Microscopy Structures of a Campylobacter Multidrug Efflux Pump Reveal a Novel Mechanism of Drug Recognition and Resistance. 著者: Zhemin Zhang / Nicholas Lizer / Zuowei Wu / Christopher E Morgan / Yuqi Yan / Qijing Zhang / Edward W Yu / 要旨: Campylobacter jejuni is a bacterium that is commonly present in the intestinal tracts of animals. It is also a major foodborne pathogen that causes gastroenteritis in humans. The most predominant and ...Campylobacter jejuni is a bacterium that is commonly present in the intestinal tracts of animals. It is also a major foodborne pathogen that causes gastroenteritis in humans. The most predominant and clinically important multidrug efflux system in C. jejuni is the CmeABC (Campylobacter multidrug efflux) pump, a tripartite system that includes an inner membrane transporter (CmeB), a periplasmic fusion protein (CmeA), and an outer membrane channel protein (CmeC). This efflux protein machinery mediates resistance to a number of structurally diverse antimicrobial agents. A recently identified CmeB variant, termed resistance enhancing CmeB (RE-CmeB), can increase its multidrug efflux pump activity, likely by influencing antimicrobial recognition and extrusion. Here, we report structures of RE-CmeB in its apo form as well as in the presence of four different drugs by using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). Coupled with mutagenesis and functional studies, this structural information allows us to identify critical amino acids that are important for drug resistance. We also report that RE-CmeB utilizes a somewhat unique subset of residues to bind different drugs, thereby optimizing its ability to accommodate different compounds with distinct scaffolds. These findings provide insights into the structure-function relationship of this newly emerged antibiotic efflux transporter variant in Campylobacter. Campylobacter jejuni has emerged as one of the most problematic and highly antibiotic-resistant pathogens, worldwide. The Centers for Disease Control and Prevention have designated antibiotic-resistant C. jejuni as a serious antibiotic resistance threat in the United States. We recently identified a C. jejuni resistance enhancing CmeB (RE-CmeB) variant that can increase its multidrug efflux pump activity and confers an exceedingly high-level of resistance to fluoroquinolones. Here, we report the cryo-EM structures of this prevalent and clinically important C. jejuni RE-CmeB multidrug efflux pump in both the absence and presence of four antibiotics. These structures allow us to understand the action mechanism for multidrug recognition in this pump. Our studies will ultimately inform an era in structure-guided drug design to combat multidrug resistance in these Gram-negative pathogens. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gk4.cif.gz | 512.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8gk4.ent.gz | 417 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gk4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8gk4_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8gk4_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8gk4_validation.xml.gz | 90.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8gk4_validation.cif.gz | 138.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/8gk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/8gk4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40179MC 8gjjC 8gjkC 8gjlC 8gk0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 114122.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: cmeB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C9A1J1 #2: 化合物 | ChemComp-CLM / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RE-CmeB / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 35.8 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 |
---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15632 / 対称性のタイプ: POINT |