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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ghz | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of fish immunogloblin M-Fc | ||||||
要素 | Teleost immunoglobulin M protein | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin M / IgM | ||||||
生物種 | Oncorhynchus mykiss (アルビノ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å | ||||||
データ登録者 | Lyu, M. / Stadtmueller, B.M. / Malyutin, A.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: The structure of the teleost Immunoglobulin M core provides insights on polymeric antibody evolution, assembly, and function. 著者: Mengfan Lyu / Andrey G Malyutin / Beth M Stadtmueller / 要旨: Polymeric (p) immunoglobulins (Igs) serve broad functions during vertebrate immune responses. Typically, pIgs contain between two and six Ig monomers, each with two antigen binding fragments and one ...Polymeric (p) immunoglobulins (Igs) serve broad functions during vertebrate immune responses. Typically, pIgs contain between two and six Ig monomers, each with two antigen binding fragments and one fragment crystallization (Fc). In addition, many pIgs assemble with a joining-chain (JC); however, the number of monomers and potential to include JC vary with species and heavy chain class. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of IgM from a teleost (t) species, which does not encode JC. The structure reveals four tIgM Fcs linked through eight C-terminal tailpieces (Tps), which adopt a single β-sandwich-like domain (Tp assembly) located between two Fcs. Specifically, two of eight heavy chains fold uniquely, resulting in a structure distinct from mammalian IgM, which typically contains five IgM monomers, one JC and a centrally-located Tp assembly. Together with mutational analysis, structural data indicate that pIgs have evolved a range of assembly mechanisms and structures, each likely to support unique antibody effector functions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ghz.cif.gz | 663.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ghz.ent.gz | 565.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ghz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ghz_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ghz_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ghz_validation.xml.gz | 63.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ghz_validation.cif.gz | 93.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/8ghz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/8ghz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26998.514 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / プラスミド: pD2610-v1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) immunoglobulin M Fc タイプ: COMPLEX 詳細: Heavy chain constant domains 3 and 4 including C-terminal tailpiece Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Oncorhynchus mykiss (アルビノ) | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Pelco easiGlow at 25 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3618 詳細: Images were collected with SerialEM using beam image-shift in a 3x3x3 pattern. A total of ~60 e/A2 was fractionated into 40 frames movies. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1300000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 61000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 169.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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