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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ghf | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of hSlo1 in plasma membrane vesicles | |||||||||
要素 | Calcium-activated potassium channel subunit alpha-1 | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Slo1 / BK channel / Ca2+- and voltage-activated K+ channel / ion channel / plasma membrane vesicles | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / large conductance calcium-activated potassium channel activity / response to carbon monoxide / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea ...Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / micturition / Ca2+ activated K+ channels / large conductance calcium-activated potassium channel activity / response to carbon monoxide / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / response to osmotic stress / cGMP effects / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / potassium ion transport / regulation of membrane potential / caveola / response to calcium ion / vasodilation / actin binding / postsynaptic membrane / response to hypoxia / apical plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Tao, X. / Zhao, C. / MacKinnon, R. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Membrane protein isolation and structure determination in cell-derived membrane vesicles. 著者: Xiao Tao / Chen Zhao / Roderick MacKinnon / 要旨: Integral membrane protein structure determination traditionally requires extraction from cell membranes using detergents or polymers. Here, we describe the isolation and structure determination of ...Integral membrane protein structure determination traditionally requires extraction from cell membranes using detergents or polymers. Here, we describe the isolation and structure determination of proteins in membrane vesicles derived directly from cells. Structures of the ion channel Slo1 from total cell membranes and from cell plasma membranes were determined at 3.8 Å and 2.7 Å resolution, respectively. The plasma membrane environment stabilizes Slo1, revealing an alteration of global helical packing, polar lipid, and cholesterol interactions that stabilize previously unresolved regions of the channel and an additional ion binding site in the Ca regulatory domain. The two methods presented enable structural analysis of both internal and plasma membrane proteins without disrupting weakly interacting proteins, lipids, and cofactors that are essential to biological function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ghf.cif.gz | 814.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ghf.ent.gz | 659 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ghf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/8ghf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gh/8ghf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 40044MC 8gh9C 8ghgC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 122440.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNMA1, KCNMA, SLO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q12791 |
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-非ポリマー , 5種, 128分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-POV / ( #5: 化合物 | ChemComp-CLR / #6: 化合物 | ChemComp-NA / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ALFA-hSlo1-eGFP ion channel / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 6 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32063 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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