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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gb3 | ||||||
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タイトル | Structure of the Mycobacterium tuberculosis Hsp70 protein DnaK bound to the nucleotide exchange factor GrpE | ||||||
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![]() | CHAPERONE / heat shock protein 70 / nucleotide exchange factor / protein folding and refolding | ||||||
機能・相同性 | ![]() adenyl-nucleotide exchange factor activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / protein-folding chaperone binding / hydrolase activity / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Xiao, X. / Li, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the M. tuberculosis DnaK-GrpE complex reveals how key DnaK roles are controlled. 著者: Xiansha Xiao / Allison Fay / Pablo Santos Molina / Amanda Kovach / Michael S Glickman / Huilin Li / ![]() 要旨: The molecular chaperone DnaK is essential for viability of Mycobacterium tuberculosis (Mtb). DnaK hydrolyzes ATP to fold substrates, and the resulting ADP is exchanged for ATP by the nucleotide ...The molecular chaperone DnaK is essential for viability of Mycobacterium tuberculosis (Mtb). DnaK hydrolyzes ATP to fold substrates, and the resulting ADP is exchanged for ATP by the nucleotide exchange factor GrpE. It has been unclear how GrpE couples DnaK's nucleotide exchange with substrate release. Here we report a cryo-EM analysis of GrpE bound to an intact Mtb DnaK, revealing an asymmetric 1:2 DnaK-GrpE complex. The GrpE dimer ratchets to modulate both DnaK nucleotide-binding domain and the substrate-binding domain. We further show that the disordered GrpE N-terminus is critical for substrate release, and that the DnaK-GrpE interface is essential for protein folding activity both in vitro and in vivo. Therefore, the Mtb GrpE dimer allosterically regulates DnaK to concomitantly release ADP in the nucleotide-binding domain and substrate peptide in the substrate-binding domain. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 141.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 670.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 684.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29912MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66910.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: dnaK_2, dnaK, E5M05_19850, ERS007703_00955, ERS023446_02581, ERS027651_01905, FCN16_12395, SAMEA2682864_01182, SAMEA2683035_02658 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 24559.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: grpE, E5M05_19845, E5M52_19255, E5M78_19290, ERS007681_03281, ERS007703_00954, ERS024276_02384, SAMEA2683035_02659 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Binary complex of DnaK with nucleotide exchange factor GrpE タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1300 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 66 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 15720 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 30 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 9973114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 240737 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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