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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fz0 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of empty AAV2 capsid | |||||||||
要素 | Capsid protein VP1 | |||||||||
キーワード | VIRUS / assembly / symmetry / AAV2 / capsid | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Bennett, A.D. / McKenna, R. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Cryo-EM Structure of genome containing AAV2 著者: Bennett, A.D. / Mckenna, R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fz0.cif.gz | 5.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fz0.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8fz0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fz0_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fz0_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fz0_validation.xml.gz | 640.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fz0_validation.cif.gz | 1 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/8fz0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29600MC 8fywC 8fznC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 82031.352 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス) 遺伝子: VP1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P03135 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: adeno-associated virus 2 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 3.9 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: adeno-associated virus 2 (アデノ随伴ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pCTdual (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
ウイルス殻 | 名称: capsid / 直径: 26 nm / 三角数 (T数): 1 |
緩衝液 | pH: 7.3 / 詳細: 1XPBS, 1 mM MgCl2, 2.5 mM KCl pH7.3 |
緩衝液成分 | 濃度: 1 mM / 名称: TD / 式: PBS-MK |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-64 (8k x 8k) 実像数: 1674 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6782 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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