PDB-8fxx: Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8fxx

タイトル

Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.2 (heptameric ring)

要素

CPXV040 protein
T-lymphocyte activation antigen CD86

キーワード

VIRAL PROTEIN / poxvirus M2 protein / OPG038 / T-cell costimulation / poxviral immune evasion domain PIE / B7.1 / Structural Genomics / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of lymphotoxin A production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / Co-stimulation by CD28 / CD28 dependent Vav1 pathway / positive regulation of immunoglobulin production / host cell endoplasmic reticulum / Co-inhibition by CTLA4 / positive regulation of interleukin-4 production / Interleukin-10 signaling / B cell activation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cowpox virus (牛痘ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å

データ登録者

Elliott, J.I. / Adams, L.J. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H. / CSBID

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure basis of poxvirus mediated sabotage of T-cell costimulation
著者: Elliott, J.I. / Adams, L.J. / Jethva, P.N. / Gross, M.L. / Nelson, C.A. / Fremont, D.H.

履歴

登録	2023年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年2月5日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年3月19日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / em_admin / struct Item: _em_admin.last_update / _em_admin.title / _struct.title
改定 1.1	2025年3月19日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Group: Experimental summary / Data content type: EM metadata / カテゴリ: em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_admin.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8fxx.cif.gz	432.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8fxx.ent.gz	356.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8fxx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8fxx_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8fxx_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8fxx_validation.xml.gz	71.1 KB	表示
CIF形式データ	8fxx_validation.cif.gz	100.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/8fxx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fx/8fxx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	29547MC 29546C 29548C 29549C 8fxwC 8fxyC 8fxzC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (2)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CPXV040 protein

B: CPXV040 protein

C: T-lymphocyte activation antigen CD86

D: CPXV040 protein

E: T-lymphocyte activation antigen CD86

F: CPXV040 protein

G: T-lymphocyte activation antigen CD86

H: T-lymphocyte activation antigen CD86

I: CPXV040 protein

J: T-lymphocyte activation antigen CD86

K: CPXV040 protein

L: T-lymphocyte activation antigen CD86

M: CPXV040 protein

N: T-lymphocyte activation antigen CD86

ヘテロ分子

258 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

#1: タンパク質

CPXV040 protein

分子量: 23396.398 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Cowpox virus (Brighton Red) (ウイルス)
遺伝子: CPXV040 CDS / Cell (発現宿主): Expi293F / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8QN22

#2: タンパク質

T-lymphocyte activation antigen CD86 / Activation B7-2 antigen / B70 / BU63 / CTLA-4 counter-receptor B7.2 / FUN-1

分子量: 12849.631 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD86, CD28LG2 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42081

#3: 糖

...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

名称: Complex of 7 member ring-like M2 oligomers bound to B7.2 ectodomans
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2 / 由来: MULTIPLE SOURCES

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Homo sapiens (ヒト)	9606
3	1	Cowpox virus (Brighton Red) (ウイルス)	265872

由来(組換発現)

生物種:

Homo sapiens (ヒト)

緩衝液

pH: 7.4 / 詳細: 150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4

緩衝液成分

ID	濃度	名称	式	Buffer-ID
1	8.7 g/L	sodium chloride	NaCl	1
2	6.0 g/L	HEPES	HEPES	1

試料

濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

試料支持

グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2

急速凍結

装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 66 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ	詳細
7	UCSF ChimeraX	1.3	モデルフィッティング	fit to map
9	PHENIX	1.20.1-4487	モデル精密化	real space refinement

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58055 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)