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- PDB-8fwk: CryoEM structure of Human ABCB6 Transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fwk
タイトルCryoEM structure of Human ABCB6 Transporter
要素ATP-binding cassette sub-family B member 6
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transporter / ABC transporter / Mitochondrial transporter / ATPase / phorphyrin transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective ABCB6 causes MCOPCB7 / cellular detoxification of cadmium ion / Mitochondrial ABC transporters / tetrapyrrole metabolic process / ABC-type heme transporter / porphyrin-containing compound metabolic process / tetrapyrrole binding / heme metabolic process / porphyrin-containing compound biosynthetic process / heme transport ...Defective ABCB6 causes MCOPCB7 / cellular detoxification of cadmium ion / Mitochondrial ABC transporters / tetrapyrrole metabolic process / ABC-type heme transporter / porphyrin-containing compound metabolic process / tetrapyrrole binding / heme metabolic process / porphyrin-containing compound biosynthetic process / heme transport / melanosome assembly / ABC-type heme transporter activity / heme transmembrane transport / melanosome membrane / multivesicular body membrane / mitochondrial envelope / endolysosome membrane / vacuolar membrane / skin development / efflux transmembrane transporter activity / intracellular copper ion homeostasis / ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / brain development / transmembrane transport / early endosome membrane / mitochondrial outer membrane / intracellular iron ion homeostasis / endosome / Golgi membrane / lysosomal membrane / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial ABC-transporter, N-terminal five TM domain / Mitochondrial ABC-transporter N-terminal five TM region / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...Mitochondrial ABC-transporter, N-terminal five TM domain / Mitochondrial ABC-transporter N-terminal five TM region / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family B member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shaik, M.M. / Myasnikov, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of Human ABCB6 Transporter
著者: Shaik, M.M. / Myasnikov, A.
履歴
登録2023年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ATP-binding cassette sub-family B member 6
A: ATP-binding cassette sub-family B member 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,9422
ポリマ－189,9422
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ATP-binding cassette sub-family B member 6 / ABC-type heme transporter ABCB6 / Mitochondrial ABC transporter 3 / Mt-ABC transporter 3 / P- ...ABC-type heme transporter ABCB6 / Mitochondrial ABC transporter 3 / Mt-ABC transporter 3 / P-glycoprotein-related protein / Ubiquitously-expressed mammalian ABC half transporter


分子量: 94971.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCB6, MTABC3, PRP, UMAT / 詳細 (発現宿主): pCDNA3.1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NP58, ABC-type heme transporter

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Two chains make the complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.17 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCDNA3.1
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
130 mMTrisC4H11NO31
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
30.03 percentDDMC24H46O111
試料濃度: 3.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 60000 X / 倍率（補正後）: 61200 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5000 nm / Cs: 2 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 6 sec. / 電子線照射量: 77 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5133

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC9.03粒子像選択
2SerialEM4.0.15画像取得
7PHENIX1.18.2-3874-000モデルフィッティング
9cryoSPARC9.03初期オイラー角割当
10cryoSPARC9.03最終オイラー角割当
11cryoSPARC9.03分類
12cryoSPARC9.03３次元再構成
13PHENIX1.18.2-3874-000モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 900000
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 200 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049646
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.00713076
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.4645684
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0561502
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061656

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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