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- PDB-8fvy: 40S subunit of the Giardia lamblia 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fvy
タイトル40S subunit of the Giardia lamblia 80S ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 10
  • (Ribosomal protein ...) x 17
  • (SSU ribosomal protein ...) x 5
  • 18S rRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / Giardia lamblia / Ribosome structure / Translation / parasite
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / maintenance of translational fidelity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily ...Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Beta-grasp domain superfamily / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
emetine / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S28 ...emetine / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S28 / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S29A / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S3 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S4 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S27a / 40S ribosomal protein S26 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S10B / Small ribosomal subunit protein eS1 / Ribosomal protein S12 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S14 / SSU ribosomal protein S7P / SSU ribosomal protein S12P / 40S ribosomal protein S7 / SSU ribosomal protein S19E / SSU ribosomal protein S17P / SSU ribosomal protein S8P
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Eiler, D.R. / Wimberly, B.T. / Bilodeau, D.Y. / Rissland, O.S. / Kieft, J.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118070 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI149210 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128680 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: The Giardia lamblia ribosome structure reveals divergence in several biological pathways and the mode of emetine function.
著者: Daniel R Eiler / Brian T Wimberly / Danielle Y Bilodeau / J Matthew Taliaferro / Philip Reigan / Olivia S Rissland / Jeffrey S Kieft /
要旨: Giardia lamblia is a deeply branching protist and a human pathogen. Its unusual biology presents the opportunity to explore conserved and fundamental molecular mechanisms. We determined the structure ...Giardia lamblia is a deeply branching protist and a human pathogen. Its unusual biology presents the opportunity to explore conserved and fundamental molecular mechanisms. We determined the structure of the G. lamblia 80S ribosome bound to tRNA, mRNA, and the antibiotic emetine by cryo-electron microscopy, to an overall resolution of 2.49 Å. The structure reveals rapidly evolving protein and nucleotide regions, differences in the peptide exit tunnel, and likely altered ribosome quality control pathways. Examination of translation initiation factor binding sites suggests these interactions are conserved despite a divergent initiation mechanism. Highlighting the potential of G. lamblia to resolve conserved biological principles; our structure reveals the interactions of the translation inhibitor emetine with the ribosome and mRNA, thus providing insight into the mechanism of action for this widely used antibiotic. Our work defines key questions in G. lamblia and motivates future experiments to explore the diversity of eukaryotic gene regulation.
履歴
登録2023年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 18S rRNA
A: 40S ribosomal protein SA
B: 40S ribosomal protein S3a
C: Ribosomal protein S2
D: Ribosomal protein S3
E: 40S ribosomal protein S4
F: SSU ribosomal protein S7P (Fragment)
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S8
J: Ribosomal protein S9
K: Ribosomal protein S10B
L: SSU ribosomal protein S17P
N: Ribosomal protein S13
O: Ribosomal protein S14
P: Ribosomal protein S15
Q: Ribosomal protein S16
R: Ribosomal protein S17
S: Ribosomal protein S18
T: SSU ribosomal protein S19E (Fragment)
U: Ribosomal protein S20
V: 40S ribosomal protein S21
W: SSU ribosomal protein S8P (Fragment)
X: SSU ribosomal protein S12P
Y: Ribosomal protein S24
Z: 40S ribosomal protein S25
a: 40S ribosomal protein S26
b: Ribosomal protein S27
c: Ribosomal protein S28
d: Ribosomal protein S29A
f: Ribosomal protein S27a
g: tRNA
M: Ribosomal protein S12
e: 40S ribosomal protein S30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,071,29459
ポリマ－1,070,18934
非ポリマー1,10525
水13,385743
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 2g

#1: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 470516.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: GenBank: 2333213660
#32: RNA鎖 tRNA


分子量: 23749.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)

-
40S ribosomal protein ... , 10種, 10分子 ABEGHIVZae

#2: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 28101.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BE86
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 28413.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BS79
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 30464.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BFE3
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28084.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8B6L8
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 23072.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: V6TBA3
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 19451.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8B252
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9686.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8B484
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 10121.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8B8H7
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12791.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BQZ7
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7932.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A0A644F843

-
Ribosomal protein ... , 17種, 17分子 CDJKNOPQRSUYbcdfM

#4: タンパク質 Ribosomal protein S2


分子量: 26765.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BMZ1
#5: タンパク質 Ribosomal protein S3


分子量: 24779.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8B8Z2
#11: タンパク質 Ribosomal protein S9


分子量: 21699.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BKS8
#12: タンパク質 Ribosomal protein S10B


分子量: 15406.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BRX3
#14: タンパク質 Ribosomal protein S13


分子量: 17627.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BE02
#15: タンパク質 Ribosomal protein S14


分子量: 15755.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: E2RU83
#16: タンパク質 Ribosomal protein S15


分子量: 16728.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BBP3
#17: タンパク質 Ribosomal protein S16


分子量: 17634.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BKC6
#18: タンパク質 Ribosomal protein S17


分子量: 15757.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BRG5
#19: タンパク質 Ribosomal protein S18


分子量: 17510.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BZ58
#21: タンパク質 Ribosomal protein S20


分子量: 14073.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8B4G0
#25: タンパク質 Ribosomal protein S24


分子量: 14872.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8B593
#28: タンパク質 Ribosomal protein S27


分子量: 14117.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BJL1
#29: タンパク質 Ribosomal protein S28


分子量: 7358.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8B4F3
#30: タンパク質 Ribosomal protein S29A


分子量: 15499.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8B7H6
#31: タンパク質 Ribosomal protein S27a


分子量: 15134.745 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BNY1
#33: タンパク質 Ribosomal protein S12


分子量: 14378.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: A8BUG8

-
SSU ribosomal protein ... , 5種, 5分子 FLTWX

#7: タンパク質 SSU ribosomal protein S7P (Fragment)


分子量: 21058.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: V6T8P6
#13: タンパク質 SSU ribosomal protein S17P


分子量: 23160.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: V6TF82
#20: タンパク質 SSU ribosomal protein S19E (Fragment)


分子量: 17816.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: V6TE85
#23: タンパク質 SSU ribosomal protein S8P (Fragment)


分子量: 14770.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: V6TFI0
#24: タンパク質 SSU ribosomal protein S12P


分子量: 15897.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
参照: UniProt: V6T9I6

-
非ポリマー , 4種, 768分子

#35: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#36: 化合物 ChemComp-YAT / emetine / (2S,3R,11bS)-2-[[(1R)-6,7-dimethoxy-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-1-yl]methyl]-3-ethyl-9,10-dimethoxy-2,3,4,6,7,11b-hexahydro-1H-benzo[a]quinolizine


分子量: 480.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C29H40N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#37: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#38: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 60S ribosomal subunit of the 80S Giardia intestinalis assemblage A ribosome
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#34 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis assemblage A (ランブル鞭毛虫)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 72.26 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 289618 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00371510
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.524103946
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.18723003
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03912841
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0057542

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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