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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fuk | |||||||||
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タイトル | V. cholerae TniQ-Cascade complex with Type III-B crRNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN/RNA / Type I-F CAST / DNA Transposition / CRISPR Transposon / ANTIVIRAL PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | metagenome (メタゲノム) Vibrio cholerae (コレラ菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å | |||||||||
データ登録者 | Chou, C.W. / Finkelstein, I.J. / Hu, K. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: V. cholerae TniQ-Cascade complex with Type III-B crRNA 著者: Chou, C.W. / Finkelstein, I.J. / Hu, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fuk.cif.gz | 729.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fuk.ent.gz | 476.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fuk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fuk_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fuk_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fuk_validation.xml.gz | 91.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fuk_validation.cif.gz | 138.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/8fuk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fu/8fuk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 29459MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 19333.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 39886.031 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: csy3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I8WFX5 #3: タンパク質 | | 分子量: 72294.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: FXE93_08750 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I8WFX4 #4: タンパク質 | | 分子量: 23130.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: cas6f / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I8WFX3 #5: タンパク質 | 分子量: 45597.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: FXE93_08745 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6I8WFX7 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Type I-F TniQ-Cascade with Type III-B crRNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.45 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21 (DE3) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 39.2 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1235 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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