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万見
- PDB-8fti: Cryo-EM structure of the Cas13bt3-crRNA-target RNA ternary comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fti
タイトルCryo-EM structure of the Cas13bt3-crRNA-target RNA ternary complex in activated state
要素
  • Integrase
  • crRNA-linker-target hairpin RNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Cas13bt3-crRNA-target RNA ternary complex / activated state / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Planctomycetota bacterium (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Gao, Y. / Deng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR190046 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the activation of a compact CRISPR-Cas13 nuclease.
著者: Xiangyu Deng / Emmanuel Osikpa / Jie Yang / Seye J Oladeji / Jamie Smith / Xue Gao / Yang Gao /
要旨: The CRISPR-Cas13 ribonucleases have been widely applied for RNA knockdown and transcriptional modulation owing to their high programmability and specificity. However, the large size of Cas13 ...The CRISPR-Cas13 ribonucleases have been widely applied for RNA knockdown and transcriptional modulation owing to their high programmability and specificity. However, the large size of Cas13 effectors and their non-specific RNA cleavage upon target activation limit the adeno-associated virus based delivery of Cas13 systems for therapeutic applications. Herein, we report detailed biochemical and structural characterizations of a compact Cas13 (Cas13bt3) suitable for adeno-associated virus delivery. Distinct from many other Cas13 systems, Cas13bt3 cleaves the target and other nonspecific RNA at internal "UC" sites and is activated in a target length-dependent manner. The cryo-electron microscope structure of Cas13bt3 in a fully active state illustrates the structural basis of Cas13bt3 activation. Guided by the structure, we obtain engineered Cas13bt3 variants with minimal off-target cleavage yet maintained target cleavage activities. In conclusion, our biochemical and structural data illustrate a distinct mechanism for Cas13bt3 activation and guide the engineering of Cas13bt3 applications.
履歴
登録2023年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: crRNA-linker-target hairpin RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,3902
ポリマ－123,3902
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 90384.680 Da / 分子数: 1 / 変異: R84A, H89A, R739A, H744A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Planctomycetota bacterium (バクテリア)
遺伝子: DRP66_05270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A660UUL5
#2: RNA鎖 crRNA-linker-target hairpin RNA / hpRNA


分子量: 33005.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Ternary complex of Cas13bt3 in complex with crRNA and 30 nt target RNACOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2IntegraseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3crRNA-linker-target hairpin RNACOMPLEX#21SYNTHETIC
分子量値: 0.1237 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Planctomycetota bacterium (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 49 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37228 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0028492
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.46711885
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.7113497
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0321354
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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