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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fl8 | ||||||
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タイトル | Yeast ATP Synthase structure in presence of MgATP | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / F-type / ATP Synthase / yeast / mitochondrial | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / cristae formation / : / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / : ...: / cristae formation / : / : / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / : / : / : / : / photosynthetic electron transport in photosystem I / : / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis / photosynthetic electron transport in photosystem II / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / ADP binding / protein-containing complex assembly / mitochondrial inner membrane / hydrolase activity / lipid binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Sharma, S. / Patel, H. / Luo, M. / Mueller, D.M. / Liao, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Conformational ensemble of yeast ATP synthase at low pH reveals unique intermediates and plasticity in F-F coupling. 著者: Stuti Sharma / Min Luo / Hiral Patel / David M Mueller / Maofu Liao / 要旨: Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase uses the proton gradient across the inner mitochondrial membrane to synthesize ATP. Structural and single molecule studies conducted mostly at ...Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase uses the proton gradient across the inner mitochondrial membrane to synthesize ATP. Structural and single molecule studies conducted mostly at neutral or basic pH have provided details of the reaction mechanism of ATP synthesis. However, pH of the mitochondrial matrix is slightly acidic during hypoxia and pH-dependent conformational changes in the ATP synthase have been reported. Here we use single-particle cryo-EM to analyze the conformational ensemble of the yeast (Saccharomyces cerevisiae) ATP synthase at pH 6. Of the four conformations resolved in this study, three are reaction intermediates. In addition to canonical catalytic dwell and binding dwell structures, we identify two unique conformations with nearly identical positions of the central rotor but different catalytic site conformations. These structures provide new insights into the catalytic mechanism of the ATP synthase and highlight elastic coupling between the catalytic and proton translocating domains. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8fl8.cif.gz | 847.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8fl8.ent.gz | 699.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8fl8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8fl8_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8fl8_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8fl8_validation.xml.gz | 141.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8fl8_validation.cif.gz | 213.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/8fl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/8fl8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 8J
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5046.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A0G3F1I9 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4145.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PRS1 |
-ATP synthase subunit ... , 12種, 25分子 YABCDEFGHISTKLMNOPQRXZ76U
#3: タンパク質 | 分子量: 17826.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1Y3 | ||||||||||||||||||||
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#4: タンパク質 | 分子量: 54748.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4L9 #5: タンパク質 | 分子量: 50752.641 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PX46 #6: タンパク質 | | 分子量: 29898.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38077 #7: タンパク質 | | 分子量: 14080.876 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12165 #8: タンパク質 | | 分子量: 6388.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21306 #9: タンパク質 | 分子量: 7663.243 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A0G3F489 #10: タンパク質 | | 分子量: 25073.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P00854 #11: タンパク質 | | 分子量: 17575.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05626 #12: タンパク質 | | 分子量: 19509.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30902 #13: タンパク質 | | 分子量: 10090.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12349 #14: タンパク質 | | 分子量: 9383.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06405 |
-非ポリマー , 3種, 10分子
#15: 化合物 | ChemComp-ATP / #16: 化合物 | ChemComp-MG / #17: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ATP Synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51.07 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 65559 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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