+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fgw | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human IFT-A complex structures provide molecular insights into ciliary transport | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / IFT-A complex / TULP3 / cilia | ||||||
機能・相同性 | ![]() negative regulation of eating behavior / smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / protein localization to non-motile cilium / regulation of intraciliary retrograde transport / forebrain dorsal/ventral pattern formation / ear morphogenesis / intraciliary anterograde transport / cone photoreceptor outer segment / digestive system development ...negative regulation of eating behavior / smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / protein localization to non-motile cilium / regulation of intraciliary retrograde transport / forebrain dorsal/ventral pattern formation / ear morphogenesis / intraciliary anterograde transport / cone photoreceptor outer segment / digestive system development / intraciliary transport particle A / embryonic heart tube left/right pattern formation / embryonic body morphogenesis / neural tube patterning / photoreceptor cell outer segment organization / protein localization to ciliary membrane / cerebellar Purkinje cell differentiation / intraciliary retrograde transport / embryonic camera-type eye development / intraciliary transport / establishment of protein localization to organelle / regulation of cilium assembly / gonad development / spinal cord dorsal/ventral patterning / photoreceptor connecting cilium / ciliary tip / ventricular system development / Intraflagellar transport / camera-type eye morphogenesis / embryonic brain development / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic cranial skeleton morphogenesis / non-motile cilium / embryonic heart tube development / nervous system process / embryonic forelimb morphogenesis / motile cilium / Hedgehog 'off' state / determination of left/right symmetry / embryonic limb morphogenesis / limb development / embryonic digit morphogenesis / smoothened signaling pathway / receptor clustering / axoneme / Bergmann glial cell differentiation / centriolar satellite / cilium assembly / photoreceptor outer segment / negative regulation of smoothened signaling pathway / centriole / ciliary basal body / cellular response to leukemia inhibitory factor / neural tube closure / cell morphogenesis / cilium / microtubule cytoskeleton / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / protein-containing complex assembly / in utero embryonic development / cytoskeleton / intracellular signal transduction / centrosome / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Jiang, M. / Palicharla, V.R. / Miller, D. / Hwang, S.H. / Zhu, H. / Hixson, P. / Mukhopadhyay, S. / Sun, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human IFT-A complex structures provide molecular insights into ciliary transport. 著者: Meiqin Jiang / Vivek Reddy Palicharla / Darcie Miller / Sun-Hee Hwang / Hanwen Zhu / Patricia Hixson / Saikat Mukhopadhyay / Ji Sun / ![]() 要旨: Intraflagellar transport (IFT) complexes, IFT-A and IFT-B, form bidirectional trains that move along the axonemal microtubules and are essential for assembling and maintaining cilia. Mutations in IFT ...Intraflagellar transport (IFT) complexes, IFT-A and IFT-B, form bidirectional trains that move along the axonemal microtubules and are essential for assembling and maintaining cilia. Mutations in IFT subunits lead to numerous ciliopathies involving multiple tissues. However, how IFT complexes assemble and mediate cargo transport lacks mechanistic understanding due to missing high-resolution structural information of the holo-complexes. Here we report cryo-EM structures of human IFT-A complexes in the presence and absence of TULP3 at overall resolutions of 3.0-3.9 Å. IFT-A adopts a "lariat" shape with interconnected core and peripheral subunits linked by structurally vital zinc-binding domains. TULP3, the cargo adapter, interacts with IFT-A through its N-terminal region, and interface mutations disrupt cargo transport. We also determine the molecular impacts of disease mutations on complex formation and ciliary transport. Our work reveals IFT-A architecture, sheds light on ciliary transport and IFT train formation, and enables the rationalization of disease mutations in ciliopathies. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 984.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 787.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 146.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 223.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29073MC ![]() 8fh3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-WD repeat-containing protein ... , 2種, 2分子 AC
#1: タンパク質 | 分子量: 133705.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 151760.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-Intraflagellar transport protein ... , 3種, 3分子 BEF
#2: タンパク質 | 分子量: 141993.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|---|
#5: タンパク質 | 分子量: 165404.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 23558.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 D![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#4: タンパク質 | 分子量: 151137.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
---|---|
#7: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Intraflagellar transport complex A (IFT-A) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 66 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-
解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67560 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|