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万見
- PDB-8fgw: Human IFT-A complex structures provide molecular insights into ci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fgw
タイトルHuman IFT-A complex structures provide molecular insights into ciliary transport
要素
  • (Intraflagellar transport protein ...) x 3
  • (WD repeat-containing protein ...) x 2
  • Tetratricopeptide repeat protein 21B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / IFT-A complex / TULP3 / cilia
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of eating behavior / smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / protein localization to non-motile cilium / regulation of intraciliary retrograde transport / forebrain dorsal/ventral pattern formation / ear morphogenesis / intraciliary anterograde transport / cone photoreceptor outer segment / digestive system development ...negative regulation of eating behavior / smoothened signaling pathway involved in dorsal/ventral neural tube patterning / myotome development / protein localization to non-motile cilium / regulation of intraciliary retrograde transport / forebrain dorsal/ventral pattern formation / ear morphogenesis / intraciliary anterograde transport / cone photoreceptor outer segment / digestive system development / intraciliary transport particle A / embryonic heart tube left/right pattern formation / embryonic body morphogenesis / neural tube patterning / photoreceptor cell outer segment organization / protein localization to ciliary membrane / cerebellar Purkinje cell differentiation / intraciliary retrograde transport / embryonic camera-type eye development / intraciliary transport / establishment of protein localization to organelle / regulation of cilium assembly / gonad development / spinal cord dorsal/ventral patterning / photoreceptor connecting cilium / ciliary tip / ventricular system development / Intraflagellar transport / camera-type eye morphogenesis / embryonic brain development / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / regulation of smoothened signaling pathway / embryonic cranial skeleton morphogenesis / non-motile cilium / embryonic heart tube development / nervous system process / embryonic forelimb morphogenesis / motile cilium / Hedgehog 'off' state / determination of left/right symmetry / embryonic limb morphogenesis / limb development / embryonic digit morphogenesis / smoothened signaling pathway / receptor clustering / axoneme / Bergmann glial cell differentiation / centriolar satellite / cilium assembly / photoreceptor outer segment / negative regulation of smoothened signaling pathway / centriole / ciliary basal body / cellular response to leukemia inhibitory factor / neural tube closure / cell morphogenesis / cilium / microtubule cytoskeleton / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / heart development / protein-containing complex assembly / in utero embryonic development / cytoskeleton / intracellular signal transduction / centrosome / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Intraflagellar transport protein 43 / Intraflagellar transport protein 43 / Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / WD domain, G-beta repeat / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat ...Intraflagellar transport protein 43 / Intraflagellar transport protein 43 / Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / WDR19, WD40 repeat / WD repeat-containing protein 19/dyf-2 / WD domain, G-beta repeat / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetratricopeptide repeat protein 21B / WD repeat-containing protein 19 / Intraflagellar transport protein 43 homolog / Intraflagellar transport protein 140 homolog / Intraflagellar transport protein 122 homolog / WD repeat-containing protein 35
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Jiang, M. / Palicharla, V.R. / Miller, D. / Hwang, S.H. / Zhu, H. / Hixson, P. / Mukhopadhyay, S. / Sun, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R00HL143037 米国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Human IFT-A complex structures provide molecular insights into ciliary transport.
著者: Meiqin Jiang / Vivek Reddy Palicharla / Darcie Miller / Sun-Hee Hwang / Hanwen Zhu / Patricia Hixson / Saikat Mukhopadhyay / Ji Sun /
要旨: Intraflagellar transport (IFT) complexes, IFT-A and IFT-B, form bidirectional trains that move along the axonemal microtubules and are essential for assembling and maintaining cilia. Mutations in IFT ...Intraflagellar transport (IFT) complexes, IFT-A and IFT-B, form bidirectional trains that move along the axonemal microtubules and are essential for assembling and maintaining cilia. Mutations in IFT subunits lead to numerous ciliopathies involving multiple tissues. However, how IFT complexes assemble and mediate cargo transport lacks mechanistic understanding due to missing high-resolution structural information of the holo-complexes. Here we report cryo-EM structures of human IFT-A complexes in the presence and absence of TULP3 at overall resolutions of 3.0-3.9 Å. IFT-A adopts a "lariat" shape with interconnected core and peripheral subunits linked by structurally vital zinc-binding domains. TULP3, the cargo adapter, interacts with IFT-A through its N-terminal region, and interface mutations disrupt cargo transport. We also determine the molecular impacts of disease mutations on complex formation and ciliary transport. Our work reveals IFT-A architecture, sheds light on ciliary transport and IFT train formation, and enables the rationalization of disease mutations in ciliopathies.
履歴
登録2022年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 35
B: Intraflagellar transport protein 122 homolog
C: WD repeat-containing protein 19
D: Tetratricopeptide repeat protein 21B
E: Intraflagellar transport protein 140 homolog
F: Intraflagellar transport protein 43 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)767,88711
ポリマ－767,5606
非ポリマー3275
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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WD repeat-containing protein ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 35 / Intraflagellar transport protein 121 homolog


分子量: 133705.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR35, IFT121, KIAA1336 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P2L0
#3: タンパク質 WD repeat-containing protein 19 / Intraflagellar transport 144 homolog


分子量: 151760.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR19, IFT144, KIAA1638 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NEZ3

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Intraflagellar transport protein ... , 3種, 3分子 BEF

#2: タンパク質 Intraflagellar transport protein 122 homolog / WD repeat-containing protein 10 / WD repeat-containing protein 140


分子量: 141993.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFT122, SPG, WDR10, WDR140 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9HBG6
#5: タンパク質 Intraflagellar transport protein 140 homolog / WD and tetratricopeptide repeats protein 2


分子量: 165404.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFT140, KIAA0590, WDTC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RY7
#6: タンパク質 Intraflagellar transport protein 43 homolog


分子量: 23558.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFT43, C14orf179 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96FT9

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 D

#4: タンパク質 Tetratricopeptide repeat protein 21B / TPR repeat protein 21B / Intraflagellar transport 139 homolog


分子量: 151137.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTC21B, IFT139, KIAA1992, Nbla10696 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z4L5
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Intraflagellar transport complex A (IFT-A) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 66 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67560 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00344410
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51860133
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.5556012
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0416736
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0037711

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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