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万見
- PDB-8ffz: TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5S rRNA gene -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ffz
タイトルTFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5S rRNA gene
要素
  • (DNA (151-MER)) x 2
  • (Transcription factor ...) x 8
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III core binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex ...RNA polymerase II sequence-specific DNA-binding transcription factor recruiting activity / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III core binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / TFIIA-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-templated transcription open complex formation / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIA complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / transcription preinitiation complex / DNA binding, bending / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA Polymerase I Promoter Escape / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / phosphatase activity / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / TBP-class protein binding / DNA-templated transcription initiation / disordered domain specific binding / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor tau subunit sfc3/Tfc3, C-terminal / : / Family of unknown function (DUF6581) / Transcription factor tau 138 kDa subunit, extended winged helix / Transcription factor TFIIIC subunit Tfc7/tau55 / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain ...Transcription factor tau subunit sfc3/Tfc3, C-terminal / : / Family of unknown function (DUF6581) / Transcription factor tau 138 kDa subunit, extended winged helix / Transcription factor TFIIIC subunit Tfc7/tau55 / Transcription factor IIIC subunit 5, HTH domain / Transcription factor TFIIIC, triple barrel domain / Transcription factor Tfc4/TFIIIC-102/Sfc4 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1 / Transcription factor IIIC subunit Tfc1/Sfc1, triple barrel domain / TFIIIC, subcomplex tauA subunit Sfc1, triple barrel domain superfamily / RNA polymerase III transcription factor (TF)IIIC subunit HTH domain / TFIIIC subunit triple barrel domain / Tau95 Triple barrel domain / Transcription factor IIIC, putative zinc-finger / Putative zinc-finger of transcription factor IIIC complex / B-block binding subunit of TFIIIC / Tfc3, extended winged-helix domain / Transcription facto Tfc3-like / B-block binding subunit of TFIIIC / Brf1, TBP-binding domain / Brf1-like TBP-binding domain / C2H2-type zinc finger / Phosphoglycerate mutase family / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger TFIIB-type profile. / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Histidine phosphatase superfamily / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TBP domain superfamily / Zinc finger, C2H2 type / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Zinc finger C2H2-type / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / TATA-box-binding protein / Transcription factor IIIB 70 kDa subunit / Transcription factor tau 95 kDa subunit / Transcription factor tau 131 kDa subunit / Transcription factor tau 138 kDa subunit / Transcription factor IIIA ...: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / TATA-box-binding protein / Transcription factor IIIB 70 kDa subunit / Transcription factor tau 95 kDa subunit / Transcription factor tau 131 kDa subunit / Transcription factor tau 138 kDa subunit / Transcription factor IIIA / Transcription factor tau 91 kDa subunit / Transcription factor tau 60 kDa subunit / Transcription factor tau 55 kDa subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Talyzina, A. / He, Y.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
American Cancer Society 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用
ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis of TFIIIC-dependent RNA polymerase III transcription initiation.
著者: Anna Talyzina / Yan Han / Chiranjib Banerjee / Susan Fishbain / Alexis Reyes / Reza Vafabakhsh / Yuan He /
要旨: RNA polymerase III (Pol III) is responsible for transcribing 5S ribosomal RNA (5S rRNA), tRNAs, and other short non-coding RNAs. Its recruitment to the 5S rRNA promoter requires transcription factors ...RNA polymerase III (Pol III) is responsible for transcribing 5S ribosomal RNA (5S rRNA), tRNAs, and other short non-coding RNAs. Its recruitment to the 5S rRNA promoter requires transcription factors TFIIIA, TFIIIC, and TFIIIB. Here, we use cryoelectron microscopy (cryo-EM) to visualize the S. cerevisiae complex of TFIIIA and TFIIIC bound to the promoter. Gene-specific factor TFIIIA interacts with DNA and acts as an adaptor for TFIIIC-promoter interactions. We also visualize DNA binding of TFIIIB subunits, Brf1 and TBP (TATA-box binding protein), which results in the full-length 5S rRNA gene wrapping around the complex. Our smFRET study reveals that the DNA within the complex undergoes both sharp bending and partial dissociation on a slow timescale, consistent with the model predicted from our cryo-EM results. Our findings provide new insights into the transcription initiation complex assembly on the 5S rRNA promoter and allow us to directly compare Pol III and Pol II transcription adaptations.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structural basis of TFIIIC-dependent RNA Polymerase III transcription initiation.
著者: Anna Talyzina / Yan Han / Chiranjib Banerjee / Susan Fishbain / Alexis Reyes / Reza Vafabakhsh / Yuan He /
要旨: RNA Polymerase III (Pol III) is responsible for transcribing 5S ribosomal RNA (5S rRNA), tRNAs, and other short non-coding RNAs. Its recruitment to the 5S rRNA promoter requires transcription factors ...RNA Polymerase III (Pol III) is responsible for transcribing 5S ribosomal RNA (5S rRNA), tRNAs, and other short non-coding RNAs. Its recruitment to the 5S rRNA promoter requires transcription factors TFIIIA, TFIIIC, and TFIIIB. Here we use cryo-electron microscopy to visualize the complex of TFIIIA and TFIIIC bound to the promoter. Brf1-TBP binding further stabilizes the DNA, resulting in the full-length 5S rRNA gene wrapping around the complex. Our smFRET study reveals that the DNA undergoes both sharp bending and partial dissociation on a slow timescale, consistent with the model predicted from our cryo-EM results. Our findings provide new insights into the mechanism of how the transcription initiation complex assembles on the 5S rRNA promoter, a crucial step in Pol III transcription regulation.
履歴
登録2022年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_validate_planes
Item: _pdbx_validate_planes.type
改定 1.22023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_validate_planes
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _pdbx_validate_planes.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor IIIA
B: Transcription factor tau 138 kDa subunit
C: Transcription factor tau 131 kDa subunit
D: Transcription factor tau 95 kDa subunit
E: Transcription factor tau 91 kDa subunit
F: Transcription factor tau 60 kDa subunit
G: Transcription factor tau 55 kDa subunit
H: Transcription factor IIIB 70 kDa subunit,TATA-box-binding protein
I: DNA (151-MER)
J: DNA (151-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)758,88919
ポリマ－758,30010
非ポリマー5899
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Negative stain
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Transcription factor ... , 8種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 Transcription factor IIIA / TFIIIA / Putative zinc finger protein 1


分子量: 52522.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PZF1, TFC2, TFIIIA, YPR186C, P9677.9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39933
#2: タンパク質 Transcription factor tau 138 kDa subunit / TFIIIC 138 kDa subunit / Transcription factor C subunit 3


分子量: 132313.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC3, TSV115, YAL001C, FUN24 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P34111
#3: タンパク質 Transcription factor tau 131 kDa subunit / TFIIIC 131 kDa subunit / Transcription factor C subunit 4


分子量: 120388.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC4, PCF1, YGR047C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33339
#4: タンパク質 Transcription factor tau 95 kDa subunit / TFIIIC 95 kDa subunit / Transcription factor C subunit 1


分子量: 73649.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC1, YBR123C, YBR0919 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32367
#5: タンパク質 Transcription factor tau 91 kDa subunit / TFIIIC 91 kDa subunit / Transcription factor C subunit 6


分子量: 74803.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC6, YDR362C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q06339
#6: タンパク質 Transcription factor tau 60 kDa subunit / TFIIIC 60 kDa subunit / Transcription factor C subunit 8


分子量: 67755.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC8, YPL007C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12308
#7: タンパク質 Transcription factor tau 55 kDa subunit / TFIIIC 55 kDa subunit / Transcription factor C subunit 7


分子量: 49198.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFC7, YOR110W, O3234, YOR3234w / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12415
#8: タンパク質 Transcription factor IIIB 70 kDa subunit,TATA-box-binding protein / TFIIIB / B-related factor 1 / BRF-1 / TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / ...TFIIIB / B-related factor 1 / BRF-1 / TATA sequence-binding protein / TBP / TATA-binding factor / TATA-box factor / Transcription factor D / Transcription initiation factor TFIID TBP subunit


分子量: 82097.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: BRF1, PCF4, TDS4, YGR246C, SPT15, BTF1, TBP1, YER148W
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29056, UniProt: P13393

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#9: DNA鎖 DNA (151-MER)


分子量: 52636.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822
#10: DNA鎖 DNA (151-MER)


分子量: 52934.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: GenBank: 834774822

-
非ポリマー , 1種, 9分子

#11: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TFIIIA-TFIIIC-Brf1-TBP complex bound to 5SrRNA gene / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 810 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.9
試料濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2RELION3.1粒子像選択
5CTFFIND4CTF補正
8UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティング
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 5748589
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78512 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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