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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fdw | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 postfusion spike in membrane | ||||||||||||
![]() | Spike protein S2 | ||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
![]() | Zhang, J. / Shi, W. / Cai, Y.F. / Zhu, H.S. / Peng, H.Q. / Voyer, J. / Volloch, S.R. / Cao, H. / Mayer, M.L. / Song, K.K. ...Zhang, J. / Shi, W. / Cai, Y.F. / Zhu, H.S. / Peng, H.Q. / Voyer, J. / Volloch, S.R. / Cao, H. / Mayer, M.L. / Song, K.K. / Xu, C. / Lu, J.M. / Chen, B. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 postfusion spike in membrane. 著者: Wei Shi / Yongfei Cai / Haisun Zhu / Hanqin Peng / Jewel Voyer / Sophia Rits-Volloch / Hong Cao / Megan L Mayer / Kangkang Song / Chen Xu / Jianming Lu / Jun Zhang / Bing Chen / ![]() 要旨: The entry of SARS-CoV-2 into host cells depends on the refolding of the virus-encoded spike protein from a prefusion conformation, which is metastable after cleavage, to a lower-energy stable ...The entry of SARS-CoV-2 into host cells depends on the refolding of the virus-encoded spike protein from a prefusion conformation, which is metastable after cleavage, to a lower-energy stable postfusion conformation. This transition overcomes kinetic barriers for fusion of viral and target cell membranes. Here we report a cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structure of the intact postfusion spike in a lipid bilayer that represents the single-membrane product of the fusion reaction. The structure provides structural definition of the functionally critical membrane-interacting segments, including the fusion peptide and transmembrane anchor. The internal fusion peptide forms a hairpin-like wedge that spans almost the entire lipid bilayer and the transmembrane segment wraps around the fusion peptide at the last stage of membrane fusion. These results advance our understanding of the spike protein in a membrane environment and may guide development of intervention strategies. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 313.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 259.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29016MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 BAC
#1: タンパク質 | 分子量: 68176.188 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: S, 2 / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 5種, 27分子 ![](data/chem/img/MAN.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: SRAS-CoV-2 postfusion spike protein in nanodisc / タイプ: COMPLEX / 詳細: SARS-CoV-2 postfusion spike protein in nanodisc / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.210 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.01 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 75996334 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 254902 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7KRR PDB chain-ID: A / Accession code: 7KRR / Chain residue range: 14-1211 / Pdb chain residue range: 14-1211 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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