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万見
- PDB-8fd2: Cryo-EM structure of Cascade complex in type I-B CAST system -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fd2
タイトルCryo-EM structure of Cascade complex in type I-B CAST system
要素
  • (Type I-B CRISPR-associated protein ...) x 4
  • A Type I-B CRISPR-associated protein Cas5
  • RNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Cascade / I-B / CAST
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas5, bacterial / CRISPR-associated protein, Cas6-related / CRISPR-associated protein Cas8a1/Csx13, Myxan subtype, N-terminal / CRISPR-associated protein Cas8a1/Csx13, Myxan subtype, C-terminal / Cas6 Crispr / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Type I-MYXAN CRISPR-associated protein Cas5/Cmx5/DevS / CRISPR-associated protein / Type I-MYXAN CRISPR-associated Cas8a1/Cmx1 / Type I-MYXAN CRISPR-associated protein Cas6/Cmx6
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Chang, L. / Wang, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular mechanism for Tn7-like transposon recruitment by a type I-B CRISPR effector.
著者: Shukun Wang / Clinton Gabel / Romana Siddique / Thomas Klose / Leifu Chang /
要旨: Tn7-like transposons have co-opted CRISPR-Cas systems to facilitate the movement of their own DNA. These CRISPR-associated transposons (CASTs) are promising tools for programmable gene knockin. A key ...Tn7-like transposons have co-opted CRISPR-Cas systems to facilitate the movement of their own DNA. These CRISPR-associated transposons (CASTs) are promising tools for programmable gene knockin. A key feature of CASTs is their ability to recruit Tn7-like transposons to nuclease-deficient CRISPR effectors. However, how Tn7-like transposons are recruited by diverse CRISPR effectors remains poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of a recruitment complex comprising the Cascade complex, TniQ, TnsC, and the target DNA in the type I-B CAST from Peltigera membranacea cyanobiont 210A. Target DNA recognition by Cascade induces conformational changes in Cas6 and primes TniQ recruitment through its C-terminal domain. The N-terminal domain of TniQ is bound to the seam region of the TnsC spiral heptamer. Our findings provide insights into the diverse mechanisms for the recruitment of Tn7-like transposons to CRISPR effectors and will aid in the development of CASTs as gene knockin tools.
履歴
登録2022年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A Type I-B CRISPR-associated protein Cas5
B: Type I-B CRISPR-associated protein Cas6
C: Type I-B CRISPR-associated protein Cas7
D: Type I-B CRISPR-associated protein Cas7
E: Type I-B CRISPR-associated protein Cas7
F: Type I-B CRISPR-associated protein Cas7
G: Type I-B CRISPR-associated protein Cas7
H: Type I-B CRISPR-associated protein Cas7
I: Type I-B CRISPR-associated protein Cas8
J: Type I-B CRISPR-associated protein Cas11
K: Type I-B CRISPR-associated protein Cas11
L: Type I-B CRISPR-associated protein Cas11
M: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)408,88713
ポリマ－408,88713
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Type I-B CRISPR-associated protein ... , 4種, 11分子 BCDEFGHIJKL

#2: タンパク質 Type I-B CRISPR-associated protein Cas6


分子量: 24945.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア)
遺伝子: cas6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A235IH92
#3: タンパク質
Type I-B CRISPR-associated protein Cas7


分子量: 37298.996 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア)
遺伝子: CDG76_09080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A235IG15
#4: タンパク質 Type I-B CRISPR-associated protein Cas8


分子量: 63474.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア)
遺伝子: CDG76_09085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A235IGR9
#5: タンパク質 Type I-B CRISPR-associated protein Cas11


分子量: 16314.365 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア)
遺伝子: CDG76_09085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A235IGR9

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AM

#1: タンパク質 A Type I-B CRISPR-associated protein Cas5


分子量: 24852.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. 'Peltigera membranacea cyanobiont' 210A (バクテリア)
遺伝子: cas5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A235IG00
#6: RNA鎖 RNA


分子量: 22876.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cascade complex in type I-B CAST system / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)161997
31synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 139953 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00327710
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.54337937
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.834539
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0394070
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0044450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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