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万見
- PDB-8fai: Cryo-EM structure of the Agrobacterium T-pilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fai
タイトルCryo-EM structure of the Agrobacterium T-pilus
要素Protein virB2
キーワードPROTEIN FIBRIL / VirB/D4 T4SS / Bacterial conjugation / T-pilus / helical filament
機能・相同性Conjugal transfer TrbC/type IV secretion VirB2 / TrbC/VIRB2 pilin / type IV secretion system complex / protein secretion by the type IV secretion system / cell outer membrane / : / Protein virB2
機能・相同性情報
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kreida, S. / Narita, A. / Johnson, M.D. / Tocheva, E.I. / Das, A. / Jensen, G.J. / Ghosal, D.
資金援助 米国, オーストラリア, カナダ, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI127401 米国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1196924 オーストラリア
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN 04345 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the Agrobacterium tumefaciens T4SS-associated T-pilus reveals stoichiometric protein-phospholipid assembly.
著者: Stefan Kreida / Akihiro Narita / Matthew D Johnson / Elitza I Tocheva / Anath Das / Debnath Ghosal / Grant J Jensen /
要旨: Agrobacterium tumefaciens causes crown gall disease in plants by the horizontal transfer of oncogenic DNA. The conjugation is mediated by the VirB/D4 type 4 secretion system (T4SS) that assembles an ...Agrobacterium tumefaciens causes crown gall disease in plants by the horizontal transfer of oncogenic DNA. The conjugation is mediated by the VirB/D4 type 4 secretion system (T4SS) that assembles an extracellular filament, the T-pilus, and is involved in mating pair formation between A. tumefaciens and the recipient plant cell. Here, we present a 3 Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the T-pilus solved by helical reconstruction. Our structure reveals that the T-pilus is a stoichiometric assembly of the VirB2 major pilin and phosphatidylglycerol (PG) phospholipid with 5-start helical symmetry. We show that PG head groups and the positively charged Arg 91 residues of VirB2 protomers form extensive electrostatic interactions in the lumen of the T-pilus. Mutagenesis of Arg 91 abolished pilus formation. While our T-pilus structure is architecturally similar to previously published conjugative pili structures, the T-pilus lumen is narrower and positively charged, raising questions of whether the T-pilus is a conduit for ssDNA transfer.
履歴
登録2022年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein virB2
B: Protein virB2
C: Protein virB2
D: Protein virB2
E: Protein virB2
F: Protein virB2
G: Protein virB2
H: Protein virB2
I: Protein virB2
J: Protein virB2
K: Protein virB2
L: Protein virB2
M: Protein virB2
N: Protein virB2
O: Protein virB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,10130
ポリマ－184,89715
非ポリマー11,20515
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Protein virB2


分子量: 12326.439 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: NT1REB(pJK270) / 参照: UniProt: P17792
#2: 化合物
ChemComp-XL0 / (7Z,19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacos-7-en-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate


分子量: 746.991 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1T-pilusCOMPLEX#10NATURAL
2VirB2ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT#11NATURAL
3Phosphatidylglycerol 16:1/18:1ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT1NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11NO
2145.964 kDa/nmNO
312.787 kDa/nmNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
21Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)358NT1REB(pJK270)
32Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)358NT1REB(pJK270)
43Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)358NT1REB(pJK270)
緩衝液pH: 5.5
緩衝液成分濃度: 50 mM / 名称: 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid / 式: MES
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4.0beta2粒子像選択
2SerialEM3-9-0beta7画像取得
4RELION4.0beta2CTF補正
7Rosetta3モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2モデル精密化
10RELION4.0beta2初期オイラー角割当
11RELION4.0beta2最終オイラー角割当
12RELION4.0beta2分類
13RELION4.0beta2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称
IDImage processing-ID回転角度/サブユニット (°)軸方向距離/サブユニット (Å)らせん対称軸の対称性
1132.6213.44C5
2132.6213.44C1
3132.6213.44C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 10934
詳細: Filaments were manually picked using EMAN2 e2helixboxer and particles were extracted by RELION.
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3543 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037965
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57210620
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.1291545
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0341230
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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