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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f6j | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a Zinc-loaded D287A mutant of the YiiP-Fab complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Zinc transporter / cation diffusion facilitator / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 zinc efflux active transmembrane transporter activity / cadmium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / intracellular zinc ion homeostasis / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Shewanella oneidensis (バクテリア) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez-Redondo, M.L. / Hussein, A.K. / Stokes, D.L. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Characterization of individual Zn2+ binding sites of YiiP 著者: Lopez-Redondo, M.L. / Hussein, A.K. / Stokes, D.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f6j.cif.gz | 236 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f6j.ent.gz | 192.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f6j_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f6j_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8f6j_validation.xml.gz | 53.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f6j_validation.cif.gz | 79.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28885MC 8f6eC 8f6fC 8f6hC 8f6iC 8f6kC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32441.203 Da / 分子数: 2 / 変異: D287A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: fieF, SO_4475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8E919 #2: 抗体 | 分子量: 23580.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 抗体 | 分子量: 25406.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #4: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: D287A Zinc-loaded YiiP-Fab complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.163024 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: PELCO easiGLOW / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3686 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 5760 / 縦: 4092 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4154002 / 詳細: template picking | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 252599 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 150.9 / プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7KZZ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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