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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8f6c | ||||||
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タイトル | E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase dimer | ||||||
要素 | (Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit ...) x 4 | ||||||
キーワード | PROTON TRANSPORT / heme-copper oxidase / proton translocation / E. coli aerobic respiratory chain / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytochrome o ubiquinol oxidase complex / oxidoreduction-driven active transmembrane transporter activity / ubiquinol oxidase (H+-transporting) / cytochrome bo3 ubiquinol oxidase activity / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / cytochrome-c oxidase activity / proton transmembrane transporter activity / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport ...cytochrome o ubiquinol oxidase complex / oxidoreduction-driven active transmembrane transporter activity / ubiquinol oxidase (H+-transporting) / cytochrome bo3 ubiquinol oxidase activity / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / cytochrome-c oxidase activity / proton transmembrane transporter activity / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / : / ATP synthesis coupled electron transport / respiratory electron transport chain / aerobic respiration / electron transfer activity / copper ion binding / heme binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, Y. / Karimullina, E. / Borek, D. / Savchenko, A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci / 年: 2023 タイトル: Monomer and dimer structures of cytochrome bo ubiquinol oxidase from Escherichia coli. 著者: Yirui Guo / Elina Karimullina / Tabitha Emde / Zbyszek Otwinowski / Dominika Borek / Alexei Savchenko / 要旨: The Escherichia coli cytochrome bo ubiquinol oxidase is a four-subunit heme-copper oxidase that serves as a proton pump in the E. coli aerobic respiratory chain. Despite many mechanistic studies, it ...The Escherichia coli cytochrome bo ubiquinol oxidase is a four-subunit heme-copper oxidase that serves as a proton pump in the E. coli aerobic respiratory chain. Despite many mechanistic studies, it is unclear whether this ubiquinol oxidase functions as a monomer, or as a dimer in a manner similar to its eukaryotic counterparts-the mitochondrial electron transport complexes. In this study, we determined the monomeric and dimeric structures of the E. coli cytochrome bo ubiquinol oxidase reconstituted in amphipol by cryogenic electron microscopy single particle reconstruction (cryo-EM SPR) to a resolution of 3.15 and 3.46 Å, respectively. We have discovered that the protein can form a dimer with C2 symmetry, with the dimerization interface maintained by interactions between the subunit II of one monomer and the subunit IV of the other monomer. Moreover, the dimerization does not induce significant structural changes in the monomers, except the movement of a loop in subunit IV (residues 67-74). | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8f6c.cif.gz | 449 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8f6c.ent.gz | 361.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8f6c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8f6c_validation.pdf.gz | 1.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8f6c_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8f6c_validation.xml.gz | 77.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8f6c_validation.cif.gz | 109.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/8f6c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28879MC 8f68C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
-Cytochrome bo(3) ubiquinol oxidase subunit ... , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#1: タンパク質 | 分子量: 73896.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cyoB, b0431, JW0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0ABI8, ubiquinol oxidase (H+-transporting) #2: タンパク質 | 分子量: 28839.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cyoA, b0432, JW0422 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABJ1 #3: タンパク質 | 分子量: 20464.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cyoC, b0430, JW0420 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABJ3 #4: タンパク質 | 分子量: 10742.083 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cyoD, b0429, JW0419 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABJ6 |
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-非ポリマー , 4種, 12分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-3PE / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E. coli Cytochrome bo3 ubiquinol oxidase dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40700 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.46→146.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.734 / SU B: 52.565 / SU ML: 0.717 / ESU R: 1.439 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 19344 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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