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万見
- PDB-8f2n: Phi-29 partially-expanded fiberless prohead -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f2n
タイトルPhi-29 partially-expanded fiberless prohead
要素Major capsid protein
キーワードVIRUS / bacteriophage / prohead / HK97 fold
機能・相同性viral procapsid / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / T=3 icosahedral viral capsid / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Woodson, M.E. / Morais, M.C. / Scott, S.D. / Choi, K.H. / Jardine, P.J. / Zhang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122979 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Phi29 assembly intermediates reveal how scaffold interactions with capsid protein drive capsid construction and maturation
著者: Woodson, M. / Prokhorov, N.S. / Scott, S.D. / Zhao, W. / Zhang, W. / Choi, K.H. / Jardine, P.J. / Morais, M.C.
履歴
登録2022年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
Q: Major capsid protein
R: Major capsid protein
S: Major capsid protein
T: Major capsid protein
U: Major capsid protein
V: Major capsid protein
W: Major capsid protein
X: Major capsid protein
Y: Major capsid protein
Z: Major capsid protein
AA: Major capsid protein
AB: Major capsid protein
AC: Major capsid protein
AD: Major capsid protein
AE: Major capsid protein
AF: Major capsid protein
AG: Major capsid protein
AH: Major capsid protein
AI: Major capsid protein
AJ: Major capsid protein
AK: Major capsid protein
AL: Major capsid protein
AM: Major capsid protein
AN: Major capsid protein
AO: Major capsid protein
AP: Major capsid protein
AQ: Major capsid protein
AR: Major capsid protein
AS: Major capsid protein
AT: Major capsid protein
AU: Major capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,345,06147
ポリマ－2,345,06147
非ポリマー00
水00
1
A: Major capsid protein
B: Major capsid protein
C: Major capsid protein
D: Major capsid protein
E: Major capsid protein
F: Major capsid protein
G: Major capsid protein
H: Major capsid protein
I: Major capsid protein
J: Major capsid protein
K: Major capsid protein
L: Major capsid protein
M: Major capsid protein
N: Major capsid protein
O: Major capsid protein
P: Major capsid protein
Q: Major capsid protein
R: Major capsid protein
S: Major capsid protein
T: Major capsid protein
U: Major capsid protein
V: Major capsid protein
W: Major capsid protein
X: Major capsid protein
Y: Major capsid protein
Z: Major capsid protein
AA: Major capsid protein
AB: Major capsid protein
AC: Major capsid protein
AD: Major capsid protein
AE: Major capsid protein
AF: Major capsid protein
AG: Major capsid protein
AH: Major capsid protein
AI: Major capsid protein
AJ: Major capsid protein
AK: Major capsid protein
AL: Major capsid protein
AM: Major capsid protein
AN: Major capsid protein
AO: Major capsid protein
AP: Major capsid protein
AQ: Major capsid protein
AR: Major capsid protein
AS: Major capsid protein
AT: Major capsid protein
AU: Major capsid protein
x 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,725,303235
ポリマ－11,725,303235
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C5 (5回回転対称))

-
要素

#1: タンパク質 ...
Major capsid protein / Gene product 8 / gp8 / Major head protein / Protein p8


分子量: 49894.906 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13849
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus phage phi29 (ファージ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Bacillus subtilis
ウイルス殻名称: capsid / 直径: 35 nm / 三角数 (T数): 3
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTrisC4H11NO31
25 mMmagnesium chlorideMgCl21
350 mMsodium chlorideNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5109

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158+SVN精密化
PHENIX1.19.2_4158+SVN精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 199167
対称性点対称性: C5 (5回回転対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103800 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 35.66 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0023165106
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4907224132
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044325781
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00328887
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.052922194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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