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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8evq | ||||||
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タイトル | Hypopseudouridylated Ribosome bound with TSV IRES, eEF2, GDP, and sordarin, Structure I | ||||||
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![]() | RIBOSOME / Hypopseudouridylation / IRES-dependent translation / RNA modification | ||||||
機能・相同性 | ![]() Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / ribosomal subunit / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / ribosomal subunit / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / translational elongation / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of protein kinase activity / protein-RNA complex assembly / regulation of translational fidelity / translation regulator activity / translation elongation factor activity / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Neutrophil degranulation / cellular response to amino acid starvation / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / macroautophagy / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / protein-folding chaperone binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / response to antibiotic / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.72 Å | ||||||
![]() | Zhao, Y. / Rai, J. / Li, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Regulation of translation by ribosomal RNA pseudouridylation. 著者: Yu Zhao / Jay Rai / Hong Li / ![]() 要旨: Pseudouridine is enriched in ribosomal, spliceosomal, transfer, and messenger RNA and thus integral to the central dogma. The chemical basis for how pseudouridine affects the molecular apparatus such ...Pseudouridine is enriched in ribosomal, spliceosomal, transfer, and messenger RNA and thus integral to the central dogma. The chemical basis for how pseudouridine affects the molecular apparatus such as ribosome, however, remains elusive owing to the lack of structures without this natural modification. Here, we studied the translation of a hypopseudouridylated ribosome initiated by the internal ribosome entry site (IRES) elements. We analyzed eight cryo-electron microscopy structures of the ribosome bound with the Taura syndrome virus IRES in multiple functional states. We found widespread loss of pseudouridine-mediated interactions through water and long-range base pairings. In the presence of the translocase, eukaryotic elongation factor 2, and guanosine 5'-triphosphate hydrolysis, the hypopseudouridylated ribosome favors a rare unconducive conformation for decoding that is partially recouped in the ribosome population that remains modified at the P-site uridine. The structural principles learned establish the link between functional defects and modification loss and are likely applicable to other pseudouridine-associated processes. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 357.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 616.4 KB | 表示 | |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 28633MC ![]() 8eubC ![]() 8evpC ![]() 8evrC ![]() 8evsC ![]() 8evtC ![]() 8ewbC ![]() 8ewcC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-40S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BABEBGBHBIBJBLBNBOBVBXBYBbBeBKBQBRBSBTBM
#1: タンパク質 | 分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#4: タンパク質 | 分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#24: タンパク質 | 分子量: 15820.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#25: タンパク質 | 分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#26: タンパク質 | 分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#33: タンパク質 | 分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
+タンパク質 , 25種, 25分子 BBBCBWBaBDBFBPBUBZBcBdBgBfACADAIAJAWAbAeAkAmEDCV
-RNA鎖 , 5種, 5分子 B5A1A3A4EC
#34: RNA鎖 | 分子量: 579635.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#38: RNA鎖 | 分子量: 1086493.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#39: RNA鎖 | 分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#40: RNA鎖 | 分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#82: RNA鎖 | 分子量: 64949.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
+60S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 AAABAEAFAGAHALAMANAOAPAQARASATAUAVAXAYAZAaAcAdAfAgAhAiAjAlAnAoAp
-非ポリマー , 4種, 244分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/SO1.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/SO1.gif)
#83: 化合物 | ChemComp-MG / #84: 化合物 | ChemComp-ZN / | #85: 化合物 | ChemComp-GDP / | #86: 化合物 | ChemComp-SO1 / [ | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#82 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: YES / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
EM embedding | Material: carbon |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 82327 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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