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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8eu6 | ||||||
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タイトル | Acheta domesticus segmented densovirus high buoyancy fraction 1 (HB1) empty capsid structure | ||||||
要素 | Capsid protein | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE / parvovirus / densovirus / virus capsid / virion / insect virus / capsid / invertebrate / virus | ||||||
機能・相同性 | Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Solenopsis invicta-associated densovirus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Penzes, J.J. / McKenna, R. / Tijssen, P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Bipartite genome and structural organization of the parvovirus Acheta domesticus segmented densovirus. 著者: Judit J Pénzes / Hanh T Pham / Paul Chipman / Emmanuel W Smith / Robert McKenna / Peter Tijssen / 要旨: Parvoviruses (family Parvoviridae) are currently defined by a linear monopartite ssDNA genome, T = 1 icosahedral capsids, and distinct structural (VP) and non-structural (NS) protein expression ...Parvoviruses (family Parvoviridae) are currently defined by a linear monopartite ssDNA genome, T = 1 icosahedral capsids, and distinct structural (VP) and non-structural (NS) protein expression cassettes within their genome. We report the discovery of a parvovirus with a bipartite genome, Acheta domesticus segmented densovirus (AdSDV), isolated from house crickets (Acheta domesticus), in which it is pathogenic. We found that the AdSDV harbors its NS and VP cassettes on two separate genome segments. Its vp segment acquired a phospholipase A2-encoding gene, vpORF3, via inter-subfamily recombination, coding for a non-structural protein. We showed that the AdSDV evolved a highly complex transcription profile in response to its multipartite replication strategy compared to its monopartite ancestors. Our structural and molecular examinations revealed that the AdSDV packages one genome segment per particle. The cryo-EM structures of two empty- and one full-capsid population (3.3, 3.1 and 2.3 Å resolution) reveal a genome packaging mechanism, which involves an elongated C-terminal tail of the VP, "pinning" the ssDNA genome to the capsid interior at the twofold symmetry axis. This mechanism fundamentally differs from the capsid-DNA interactions previously seen in parvoviruses. This study provides new insights on the mechanism behind ssDNA genome segmentation and on the plasticity of parvovirus biology. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8eu6.cif.gz | 119.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8eu6.ent.gz | 93 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8eu6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8eu6_validation.pdf.gz | 854.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8eu6_full_validation.pdf.gz | 859.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8eu6_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8eu6_validation.cif.gz | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/8eu6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/8eu6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36291.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Solenopsis invicta-associated densovirus (ウイルス) 遺伝子: CP / 発現宿主: Acheta domesticus (昆虫) / 参照: UniProt: A0A891H5C3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: unclassified Densovirinae / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: unclassified Densovirinae (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Acheta domesticus |
緩衝液 | pH: 7.4 |
緩衝液成分 | 濃度: 1 x / 名称: Phosphate buffered saline |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Deceased common house crickets, previously showing signs of paralysis, inability to jump, and inability to control movement |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 810 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 970 |
電子光学装置 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10-2155_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 46082 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30065 / クラス平均像の数: 5 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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