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- PDB-8esr: Ytm1 associated nascent 60S ribosome (-fkbp39) State 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8esr
タイトルYtm1 associated nascent 60S ribosome (-fkbp39) State 2
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 32
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 5
  • 25S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase nop2
  • 60S ribosome subunit biogenesis protein nip7
  • ATP-dependent RNA helicase has1
  • AdoMet-dependent rRNA methyltransferase spb1
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • GTPase grn1
  • Noc2
  • Nucleolar complex-associated protein 3
  • Nucleolar protein 16
  • Pescadillo homolog
  • Probable nucleolar GTP-binding protein 1
  • Probable rRNA-processing protein ebp2
  • Putative ribosome biogenesis protein C8F11.04
  • RNA (150-MER)
  • RNA (2142-MER)
  • RNA (79-MER)
  • Ribosome assembly factor mrt4
  • UPF0642 protein C32H8.05
  • Uncharacterized RNA-binding protein C1827.05c
キーワードRIBOSOME / 60S Ribosome / nucleophosmin / ribosome biogenesis / fkbp
機能・相同性
機能・相同性情報


Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / Noc1p-Noc2p complex / Noc2p-Noc3p complex ...Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / rRNA (guanosine-2'-O-)-methyltransferase activity / Noc1p-Noc2p complex / Noc2p-Noc3p complex / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / RNA methylation / PeBoW complex / rRNA base methylation / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA methylation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / cell division site / ribosomal large subunit binding / preribosome, large subunit precursor / DNA replication initiation / protein-RNA complex assembly / ribonucleoprotein complex binding / ribosomal subunit export from nucleus / translation initiation factor activity / ribosome assembly / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 90S preribosome / nuclear periphery / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / mitotic spindle / rRNA processing / protein transport / ribosome biogenesis / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / RNA helicase activity / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / RNA helicase / structural constituent of ribosome / translation / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / GTP binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / Nucleolar complex-associated protein 3, N-terminal / Nucleolar complex-associated protein 3 / Nucleolar complex-associated protein / WD repeat WDR12/Ytm1 / Ribosome biogenesis factor, NIP7 / RNA (C5-cytosine) methyltransferase, NOP2 / UPF0113, pre-PUA domain / UPF0113 Pre-PUA domain ...Nucleolar complex protein 2 / Noc2p family / Nucleolar complex-associated protein 3, N-terminal / Nucleolar complex-associated protein 3 / Nucleolar complex-associated protein / WD repeat WDR12/Ytm1 / Ribosome biogenesis factor, NIP7 / RNA (C5-cytosine) methyltransferase, NOP2 / UPF0113, pre-PUA domain / UPF0113 Pre-PUA domain / UPF0113, PUA domain / UPF0113 PUA domain / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase F, N-terminal / N-terminal domain of 16S rRNA methyltransferase RsmF / Nop2p / Bacterial Fmu (Sun)/eukaryotic nucleolar NOL1/Nop2p, conserved site / NOL1/NOP2/sun family signature. / Ribosomal RNA methyltransferase, SPB1-like, C-terminal / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, domain of unknown function DUF3381 / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase SPB1-like / Spb1 C-terminal domain / Ribosomal RNA methyltransferase Spb1, DUF3381 / Eukaryotic rRNA processing / Eukaryotic rRNA processing protein EBP2 / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase E / Ribosome biogenesis protein BRX1 / CCAAT-binding factor / DDX18/Has1, DEAD-box helicase domain / CBF/Mak21 family / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Ribosome biogenesis protein Nop16 / Domain of unknown function DUF4217 / Domain of unknown function (DUF4217) / DUF4217 / Domain of unknown function DUF2423 / YBL028C ribosome biogenesis factor, N-terminal domain / BOP1, N-terminal domain / WD repeat BOP1/Erb1 / BOP1NT (NUC169) domain / BOP1NT (NUC169) domain / NLE / NLE (NUC135) domain / SAM-dependent methyltransferase RsmB/NOP2-type / RNA (C5-cytosine) methyltransferase / 16S rRNA methyltransferase RsmB/F / SAM-dependent MTase RsmB/NOP-type domain profile. / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain profile. / PUA domain superfamily / Guanine nucleotide-binding protein-like 3, N-terminal domain / GNL3L/Grn1 putative GTPase / Pescadillo / Pescadillo N-terminus / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / Ribosomal biogenesis NSA2 family / Ribosome assembly factor Mrt4 / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Brix domain / Brix domain / Brix domain profile. / Brix / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / GTP binding domain / PUA-like superfamily / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / metallochaperone-like domain / TRASH domain / breast cancer carboxy-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL8 / Probable rRNA-processing protein ebp2 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL8 / Probable rRNA-processing protein ebp2 / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / AdoMet-dependent rRNA methyltransferase spb1 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein uL13B / Pescadillo homolog / Large ribosomal subunit protein eL13 / Ribosome biogenesis protein erb1 / GTPase grn1 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein uL29 / Uncharacterized RNA-binding protein C1827.05c / Large ribosomal subunit protein eL14 / 25S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase nop2 / Nucleolar complex-associated protein 3 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL36B / Probable nucleolar GTP-binding protein 1 / Large ribosomal subunit protein eL37B / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL30B / Large ribosomal subunit protein uL15A / Large ribosomal subunit protein uL3A / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL32A / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / ATP-dependent RNA helicase has1 / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL23A / Ribosome biogenesis protein rlp24 / 60S ribosome subunit biogenesis protein nip7 / UPF0642 protein C32H8.05 / Ribosome biogenesis protein brx1 / Large ribosomal subunit protein uL4B / Uncharacterized NOC2 family protein C1142.04 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Ribosome biogenesis protein ytm1 / Large ribosomal subunit protein eL33B / Large ribosomal subunit protein eL38A / Ribosome assembly factor mrt4 / Putative ribosome biogenesis protein C8F11.04 / Large ribosomal subunit protein eL30B / Ribosome biogenesis protein nsa2 / Large ribosomal subunit protein eL21A / Nucleolar protein 16
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhou, X. / Bilokapic, S. / Deshmukh, A.A. / Halic, M.
資金援助 米国, ドイツ, European Union, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM141694 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135599 米国
German Research Foundation (DFG)CryoNucleosome ドイツ
European Research Council (ERC)ERC-smallRNAhet-309584European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Chromatin localization of nucleophosmin organizes ribosome biogenesis.
著者: Ilaria Ugolini / Silvija Bilokapic / Mylene Ferrolino / Josiah Teague / Yinxia Yan / Xuelin Zhou / Ashish Deshmukh / Michael White / Richard W Kriwacki / Mario Halic /
要旨: Ribosome biogenesis takes place in the nucleolus, a nuclear membrane-less organelle. Although well studied, it remains unknown how nascent ribosomal subunits separate from the central chromatin ...Ribosome biogenesis takes place in the nucleolus, a nuclear membrane-less organelle. Although well studied, it remains unknown how nascent ribosomal subunits separate from the central chromatin compartment and move to the outer granular component, where maturation occurs. We find that the Schizosaccharomyces pombe nucleophosmin-like protein Fkbp39 localizes to rDNA sites encoding the 60S subunit rRNA, and this localization contributes to its specific association with nascent 60S subunits. Fkbp39 dissociates from chromatin to bind nascent 60S subunits, causing the latter to partition away from chromatin and from nascent 40S subunits through liquid-liquid phase separation. In vivo, Fkbp39 binding directs the translocation of nascent 60S subunits toward the nucleophosmin-rich granular component. This process increases the efficiency of 60S subunit assembly, facilitating the incorporation of 60S RNA domain III. Thus, chromatin localization determines the specificity of nucleophosmin in sorting nascent ribosomal subunits and coordinates their movement into specialized assembly compartments within the nucleolus.
履歴
登録2022年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
1: RNA (2142-MER)
2: RNA (150-MER)
6: RNA (79-MER)
7: Noc2
8: 60S ribosomal protein L39
A: Ribosome biogenesis protein brx1
B: 60S ribosomal protein L3-A
C: 60S ribosomal protein L4-B
D: ATP-dependent RNA helicase has1
E: 60S ribosomal protein L6
F: 60S ribosomal protein L7-B
G: 60S ribosomal protein L8
H: 60S ribosomal protein L9-A
I: Nucleolar complex-associated protein 3
J: Probable rRNA-processing protein ebp2
K: Putative ribosome biogenesis protein C8F11.04
L: 60S ribosomal protein L13
M: 60S ribosomal protein L14
N: 60S ribosomal protein L15-A
O: 60S ribosomal protein L16-B
P: 60S ribosomal protein L17-A
Q: 60S ribosomal protein L18-A
R: 60S ribosomal protein L19-A
S: 60S ribosomal protein L20-A
U: 60S ribosomal protein L22
V: 60S ribosomal protein L23-A
W: Ribosome assembly factor mrt4
X: 60S ribosomal protein L25-A
Y: 60S ribosomal protein L26
Z: 60S ribosomal protein L27-A
a: 60S ribosomal protein L28-A
b: Probable nucleolar GTP-binding protein 1
c: 60S ribosomal protein L30-2
d: 60S ribosomal protein L31
e: 60S ribosomal protein L32-A
f: 60S ribosomal protein L33-B
g: 60S ribosomal protein L34-A
h: 60S ribosomal protein L35
i: 60S ribosomal protein L36-B
j: 60S ribosomal protein L37-B
k: 60S ribosomal protein L38-1
l: 60S ribosome subunit biogenesis protein nip7
m: Ribosome biogenesis protein erb1
n: Pescadillo homolog
o: Uncharacterized RNA-binding protein C1827.05c
p: Ribosome biogenesis protein ytm1
q: 25S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase nop2
r: Ribosome biogenesis protein nsa2
s: GTPase grn1
t: 60S ribosomal protein L7-A
u: Ribosome biogenesis protein rlp24
v: Nucleolar protein 16
w: AdoMet-dependent rRNA methyltransferase spb1
y: Eukaryotic translation initiation factor 6
z: UPF0642 protein C32H8.05
T: 60S ribosomal protein L21-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,912,45457
ポリマ－2,912,38856
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 126

#1: RNA鎖 RNA (2142-MER)


分子量: 1129521.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 157310483
#2: RNA鎖 RNA (150-MER)


分子量: 52880.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 288694
#3: RNA鎖 RNA (79-MER)


分子量: 95732.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 157310483

-
タンパク質 , 16種, 16分子 7DIJKWblnoqsvwyz

#4: タンパク質 Noc2


分子量: 81237.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P7G0
#9: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase has1


分子量: 65357.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09916, RNA helicase
#14: タンパク質 Nucleolar complex-associated protein 3


分子量: 85236.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94288
#15: タンパク質 Probable rRNA-processing protein ebp2


分子量: 37894.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13802
#16: タンパク質 Putative ribosome biogenesis protein C8F11.04 / U3 snoRNP-associated protein C8F11.04


分子量: 41431.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UT32
#27: タンパク質 Ribosome assembly factor mrt4 / mRNA turnover protein 4


分子量: 26698.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9USZ6
#32: タンパク質 Probable nucleolar GTP-binding protein 1


分子量: 72915.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94659
#42: タンパク質 60S ribosome subunit biogenesis protein nip7


分子量: 20892.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q1MTQ9
#44: タンパク質 Pescadillo homolog / Nucleolar protein 7 homolog


分子量: 69294.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O60164
#45: タンパク質 Uncharacterized RNA-binding protein C1827.05c


分子量: 31473.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74978
#47: タンパク質 25S rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase nop2 / Nucleolar protein 2


分子量: 69029.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
参照: UniProt: O94268, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#49: タンパク質 GTPase grn1 / GTPase in ribosomal export from the nucleolus protein 1 / Nuclear GTP-binding protein grn1


分子量: 52510.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74791
#52: タンパク質 Nucleolar protein 16


分子量: 23990.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9Y7Z1
#53: タンパク質 AdoMet-dependent rRNA methyltransferase spb1 / 2'-O-ribose RNA methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase


分子量: 91055.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
参照: UniProt: O42832, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#54: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6


分子量: 26251.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94476
#55: タンパク質 UPF0642 protein C32H8.05


分子量: 13328.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q96WW3

+
60S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 8BCEFGHLMNOPQRSUVXYZacdefghijktT

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / YL36


分子量: 6326.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P05767
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L3-A


分子量: 43889.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P40372
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L4-B


分子量: 39982.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P784
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 21285.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P79071
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L7-B


分子量: 28499.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P25457
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / L4 / L7A


分子量: 28659.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13672
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A


分子量: 21544.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10232
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 23578.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74175
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 15241.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94238
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A


分子量: 23862.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74895
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L16-B


分子量: 22215.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42991
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A


分子量: 20854.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14339
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A


分子量: 21240.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10192
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / YL15


分子量: 22783.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P05734
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / YL17


分子量: 20642.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT68
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 13344.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09668
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A


分子量: 14905.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT60
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L25-A


分子量: 15870.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10330
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L26


分子量: 14375.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P78946
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A


分子量: 15421.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14388
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L28-A / L27A / L29


分子量: 16691.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P36585
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L30-2


分子量: 12261.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UTP0
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 13290.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9URX6
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L32-A


分子量: 14491.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P79015
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L33-B / L37B


分子量: 12133.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9USG6
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A


分子量: 12898.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42846
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14333.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74904
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L36-B


分子量: 11287.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94658
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L37-B / L37-2 / YL27


分子量: 10112.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P05733
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L38-1


分子量: 8511.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9USR7
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A


分子量: 29222.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P17937
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A


分子量: 18418.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UUC1

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Ribosome biogenesis protein ... , 5種, 5分子 Ampru

#6: タンパク質 Ribosome biogenesis protein brx1


分子量: 33950.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9HGL6
#43: タンパク質 Ribosome biogenesis protein erb1 / Eukaryotic ribosome biogenesis protein 1


分子量: 83052.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74399
#46: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ytm1


分子量: 48388.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9URY0
#48: タンパク質 Ribosome biogenesis protein nsa2


分子量: 29765.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UU79
#51: タンパク質 Ribosome biogenesis protein rlp24


分子量: 22323.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10353

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非ポリマー , 1種, 1分子

#57: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ytm1 associated nascent 60S ribosome (-fkbp39) State 2
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#3, #5, #4, #6-#56 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 109000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002123712
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.464178937
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.79938285
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03222373
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00414202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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