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万見
- PDB-8ekr: Apo rat TRPV2 in nanodiscs, state 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ekr
タイトルApo rat TRPV2 in nanodiscs, state 3
要素Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / TRP channel / Membrane protein / tetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / endomembrane system / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / melanosome ...growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / endomembrane system / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / melanosome / lamellipodium / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / negative regulation of cell population proliferation / axon / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Pumroy, R.A. / Moiseenkova-Bell, V.Y.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM103899 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM129357 米国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: Functional and structural insights into activation of TRPV2 by weak acids.
著者: Ferdinand M Haug / Ruth A Pumroy / Akshay Sridhar / Sebastian Pantke / Florian Dimek / Tabea C Fricke / Axel Hage / Christine Herzog / Frank G Echtermeyer / Jeanne de la Roche / Adrian Koh / ...著者: Ferdinand M Haug / Ruth A Pumroy / Akshay Sridhar / Sebastian Pantke / Florian Dimek / Tabea C Fricke / Axel Hage / Christine Herzog / Frank G Echtermeyer / Jeanne de la Roche / Adrian Koh / Abhay Kotecha / Rebecca J Howard / Erik Lindahl / Vera Moiseenkova-Bell / Andreas Leffler /
要旨: Transient receptor potential (TRP) ion channels are involved in the surveillance or regulation of the acid-base balance. Here, we demonstrate that weak carbonic acids, including acetic acid, lactic ...Transient receptor potential (TRP) ion channels are involved in the surveillance or regulation of the acid-base balance. Here, we demonstrate that weak carbonic acids, including acetic acid, lactic acid, and CO activate and sensitize TRPV2 through a mechanism requiring permeation through the cell membrane. TRPV2 channels in cell-free inside-out patches maintain weak acid-sensitivity, but protons applied on either side of the membrane do not induce channel activation or sensitization. The involvement of proton modulation sites for weak acid-sensitivity was supported by the identification of titratable extracellular (Glu495, Glu561) and intracellular (His521) residues on a cryo-EM structure of rat TRPV2 (rTRPV2) treated with acetic acid. Molecular dynamics simulations as well as patch clamp experiments on mutant rTRPV2 constructs confirmed that these residues are critical for weak acid-sensitivity. We also demonstrate that the pore residue Glu609 dictates an inhibition of weak acid-induced currents by extracellular calcium. Finally, TRPV2-expression in HEK293 cells is associated with an increased weak acid-induced cytotoxicity. Together, our data provide new insights into weak acids as endogenous modulators of TRPV2.
履歴
登録2022年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / em_author_list
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_author_list.author
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
B: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
C: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
D: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,2868
ポリマ－347,1964
非ポリマー2,0914
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 / TrpV2 / Osm-9-like TRP channel 2 / OTRPC2 / Stretch-activated channel 2B / Vanilloid receptor-like ...TrpV2 / Osm-9-like TRP channel 2 / OTRPC2 / Stretch-activated channel 2B / Vanilloid receptor-like protein 1 / VRL-1


分子量: 86798.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Trpv2, Sac2b, Vrl1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q9WUD2
#2: 化合物
ChemComp-PEX / 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 522.632 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49NO8P
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Tetramer of apo wild type rat TRPV2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.3504 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 14000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6000 nm
撮影平均露光時間: 3.54 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9483 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00320216
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.73727428
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.7752748
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0433132
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0063356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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