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万見
- PDB-8ehw: cryo-EM structure of TMEM63A in nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ehw
タイトルcryo-EM structure of TMEM63A in nanodisc
要素CSC1-like protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / mechanosensitive / monomeric
機能・相同性
機能・相同性情報


osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / tertiary granule membrane / centriolar satellite / specific granule membrane / nucleic acid binding / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation ...osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / calcium-activated cation channel activity / tertiary granule membrane / centriolar satellite / specific granule membrane / nucleic acid binding / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium permeable stress-gated cation channel 1-like / CSC1/OSCA1-like, 7TM region / CSC1/OSCA1-like, cytosolic domain / CSC1/OSCA1-like, N-terminal transmembrane domain / Calcium-dependent channel, 7TM region, putative phosphate / Late exocytosis, associated with Golgi transport / Cytosolic domain of 10TM putative phosphate transporter / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CSC1-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zheng, W. / Fu, T.M. / Holt, J.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R01DC013521 米国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2023
タイトル: TMEM63 proteins function as monomeric high-threshold mechanosensitive ion channels.
著者: Wang Zheng / Shaun Rawson / Zhangfei Shen / Elakkiya Tamilselvan / Harper E Smith / Julia Halford / Chen Shen / Swetha E Murthy / Maximilian H Ulbrich / Marcos Sotomayor / Tian-Min Fu / Jeffrey R Holt /
要旨: OSCA/TMEM63s form mechanically activated (MA) ion channels in plants and animals, respectively. OSCAs and related TMEM16s and transmembrane channel-like (TMC) proteins form homodimers with two pores. ...OSCA/TMEM63s form mechanically activated (MA) ion channels in plants and animals, respectively. OSCAs and related TMEM16s and transmembrane channel-like (TMC) proteins form homodimers with two pores. Here, we uncover an unanticipated monomeric configuration of TMEM63 proteins. Structures of TMEM63A and TMEM63B (referred to as TMEM63s) revealed a single highly restricted pore. Functional analyses demonstrated that TMEM63s are bona fide mechanosensitive ion channels, characterized by small conductance and high thresholds. TMEM63s possess evolutionary variations in the intracellular linker IL2, which mediates dimerization in OSCAs. Replacement of OSCA1.2 IL2 with TMEM63A IL2 or mutations to key variable residues resulted in monomeric OSCA1.2 and MA currents with significantly higher thresholds. Structural analyses revealed substantial conformational differences in the mechano-sensing domain IL2 and gating helix TM6 between TMEM63s and OSCA1.2. Our studies reveal that mechanosensitivity in OSCA/TMEM63 channels is affected by oligomerization and suggest gating mechanisms that may be shared by OSCA/TMEM63, TMEM16, and TMC channels.
履歴
登録2022年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CSC1-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2011
ポリマ－93,2011
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, Multiple biochemical evidence were obtained to support the monomeric assembly of this protein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 CSC1-like protein 1 / Transmembrane protein 63A


分子量: 93200.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM63A, KIAA0489, KIAA0792 / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O94886

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TMEM63A purified protein in nanodisc / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.11 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMTris1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 279.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.497 sec. / 電子線照射量: 50.7 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2SerialEM3.8.6画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
9cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64399 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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