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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ef9 | |||||||||
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タイトル | Structure of Lates calcarifer DNA polymerase theta polymerase domain with long duplex DNA, complex Ia | |||||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA double-strand break repair / Microhomology-mediated end joining / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Lates calcarifer (あかめ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Li, C. / Zhu, H. / Sun, J. / Gao, Y. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Structural basis of DNA polymerase θ mediated DNA end joining. 著者: Chuxuan Li / Hanwen Zhu / Shikai Jin / Leora M Maksoud / Nikhil Jain / Ji Sun / Yang Gao / 要旨: DNA polymerase θ (Pol θ) plays an essential role in the microhomology-mediated end joining (MMEJ) pathway for repairing DNA double-strand breaks. However, the mechanisms by which Pol θ recognizes ...DNA polymerase θ (Pol θ) plays an essential role in the microhomology-mediated end joining (MMEJ) pathway for repairing DNA double-strand breaks. However, the mechanisms by which Pol θ recognizes microhomologous DNA ends and performs low-fidelity DNA synthesis remain unclear. Here, we present cryo-electron microscope structures of the polymerase domain of Lates calcarifer Pol θ with long and short duplex DNA at up to 2.4 Å resolution. Interestingly, Pol θ binds to long and short DNA substrates similarly, with extensive interactions around the active site. Moreover, Pol θ shares a similar active site as high-fidelity A-family polymerases with its finger domain well-closed but differs in having hydrophilic residues surrounding the nascent base pair. Computational simulations and mutagenesis studies suggest that the unique insertion loops of Pol θ help to stabilize short DNA binding and assemble the active site for MMEJ repair. Taken together, our results illustrate the structural basis of Pol θ-mediated MMEJ. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ef9.cif.gz | 142.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ef9.ent.gz | 100.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ef9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ef9_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ef9_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ef9_validation.xml.gz | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ef9_validation.cif.gz | 42.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/8ef9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/8ef9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 28075MC 8efcC 8efkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 95674.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lates calcarifer (あかめ) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 8864.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lates calcarifer (あかめ) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 5844.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lates calcarifer (あかめ) |
#4: 化合物 | ChemComp-DGT / |
#5: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ternary complex of Lates calcarifer DNA polymerase Theta with duplex DNA and incoming nucleotide タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Lates calcarifer (あかめ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.6 |
試料 | 濃度: 0.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 825204 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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