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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e7s | |||||||||
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タイトル | III2IV2 respiratory supercomplex from Saccharomyces cerevisiae with 4 bound UQ6 | |||||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / S.cerevisiae / respiratory supercomplex / cardiolipin / UQ6 | |||||||||
機能・相同性 | ![]() matrix side of mitochondrial inner membrane / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex III / cytochrome-c oxidase ...matrix side of mitochondrial inner membrane / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex IV / mitochondrial respiratory chain complex III / cytochrome-c oxidase / mitochondrial respirasome / quinol-cytochrome-c reductase / cellular respiration / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / aerobic respiration / nuclear periphery / mitochondrial membrane / mitochondrial intermembrane space / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Hryc, C.F. / Mileykovskaya, E. / Baker, M. / Dowhan, W. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into cardiolipin replacement by phosphatidylglycerol in a cardiolipin-lacking yeast respiratory supercomplex. 著者: Corey F Hryc / Venkata K P S Mallampalli / Evgeniy I Bovshik / Stavros Azinas / Guizhen Fan / Irina I Serysheva / Genevieve C Sparagna / Matthew L Baker / Eugenia Mileykovskaya / William Dowhan / ![]() 要旨: Cardiolipin is a hallmark phospholipid of mitochondrial membranes. Despite established significance of cardiolipin in supporting respiratory supercomplex organization, a mechanistic understanding of ...Cardiolipin is a hallmark phospholipid of mitochondrial membranes. Despite established significance of cardiolipin in supporting respiratory supercomplex organization, a mechanistic understanding of this lipid-protein interaction is still lacking. To address the essential role of cardiolipin in supercomplex organization, we report cryo-EM structures of a wild type supercomplex (IVIIIIV) and a supercomplex (IIIIV) isolated from a cardiolipin-lacking Saccharomyces cerevisiae mutant at 3.2-Å and 3.3-Å resolution, respectively, and demonstrate that phosphatidylglycerol in IIIIV occupies similar positions as cardiolipin in IVIIIIV. Lipid-protein interactions within these complexes differ, which conceivably underlies the reduced level of IVIIIIV and high levels of IIIIV and free III and IV in mutant mitochondria. Here we show that anionic phospholipids interact with positive amino acids and appear to nucleate a phospholipid domain at the interface between the individual complexes, which dampen charge repulsion and further stabilize interaction, respectively, between individual complexes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 214.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 315.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27940MC ![]() 8ec0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 16分子 AaBbCcDdEeFfGgHh
#1: タンパク質 | 分子量: 50282.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 40528.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 23393.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 8602.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 7485.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 14583.755 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 17276.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 10987.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 2種, 4分子 JjLl
#9: タンパク質 | 分子量: 43686.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 34097.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-Cytochrome c oxidase subunit ... , 12種, 24分子 KkMmNnOoPpQqRrSsTtUuVvWw
#10: タンパク質 | 分子量: 58832.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 8921.686 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 6942.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 30383.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #15: タンパク質 | 分子量: 28585.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #16: タンパク質 | 分子量: 17366.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #17: タンパク質 | 分子量: 6974.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #18: タンパク質 | 分子量: 15046.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #19: タンパク質 | 分子量: 17164.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #20: タンパク質 | 分子量: 9799.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #21: タンパク質 | 分子量: 7461.718 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #22: タンパク質 | 分子量: 17161.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 10種, 63分子 ![](data/chem/img/PEF.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/CDL.gif)
![](data/chem/img/PCF.gif)
![](data/chem/img/CN5.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
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![](data/chem/img/HEA.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/CUA.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
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![](data/chem/img/PCF.gif)
![](data/chem/img/CN5.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/UQ6.gif)
![](data/chem/img/HEA.gif)
![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/CUA.gif)
#23: 化合物 | ChemComp-PEF / #24: 化合物 | #25: 化合物 | ChemComp-CDL / #26: 化合物 | ChemComp-PCF / #27: 化合物 | ChemComp-CN5 / ( | #28: 化合物 | ChemComp-HEM / #29: 化合物 | ChemComp-UQ6 / #30: 化合物 | ChemComp-HEA / #31: 化合物 | #32: 化合物 | ChemComp-CUA / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: III2-IV2 mitochondrial respiratory supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#22 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 49 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 20253 |
画像スキャン | 横: 360 / 縦: 360 / 動画フレーム数/画像: 35 / 利用したフレーム数/画像: 1-35 |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package | |||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1510025 | |||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 493055 / 対称性のタイプ: POINT |