+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8.0E+33 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | E. coli 50S ribosome bound to compound streptogramin analog SAB001 | ||||||||||||
![]() |
| ||||||||||||
![]() | RIBOSOME/ANTIBIOTIC / E. coli ribosome / streptogramin A / streptogramin B / antibiotics / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit ...DnaA-L2 complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / response to antibiotic / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.23 Å | ||||||||||||
![]() | Pellegrino, J. / Lee, D.J. / Fraser, J.S. / Seiple, I.B. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Potential for clicked streptogramin analogs 著者: Takahashi, Y. / Pellegrino, J. / Lee, D.J. / Fraser, J.S. / Seiple, I.B. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 91.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 155.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27855MC ![]() 8e30C ![]() 8e32C ![]() 8e35C ![]() 8e36C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-RNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#1: RNA鎖 | 分子量: 941795.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-50S ribosomal protein ... , 8種, 8分子 KLMNOPQR
#3: タンパク質 | 分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#4: タンパク質 | 分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 2分子 ![](data/chem/img/UDU.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#11: 化合物 | ChemComp-UDU / |
---|---|
#12: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: 50S E. coli ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#10 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 400 nm |
撮影 | 電子線照射量: 67 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-
解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成 | 解像度: 2.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162125 / 対称性のタイプ: POINT |