+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8e2k | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of BIRC6/HtrA2-S306A | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | LIGASE / Ubiquitin / E3 ligase / Apoptosis / Autophagy / IAP | |||||||||
機能・相同性 | ![]() HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / spongiotrophoblast layer development / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / : ...HtrA2 peptidase / pentacyclic triterpenoid metabolic process / negative regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / spongiotrophoblast layer development / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway / ceramide metabolic process / regulation of autophagy of mitochondrion / mitochondrial protein catabolic process / CD40 receptor complex / : / labyrinthine layer development / ALK mutants bind TKIs / programmed cell death / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Flemming body / serine-type endopeptidase complex / adult walking behavior / response to herbicide / execution phase of apoptosis / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / microtubule organizing center / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of execution phase of apoptosis / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein autoprocessing / negative regulation of cell cycle / regulation of multicellular organism growth / neuron development / cellular response to interferon-beta / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to retinoic acid / forebrain development / Mitochondrial protein degradation / serine-type peptidase activity / regulation of cytokinesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial membrane / protein catabolic process / RING-type E3 ubiquitin transferase / trans-Golgi network / mitochondrial intermembrane space / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to growth factor stimulus / spindle pole / ubiquitin-protein transferase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / unfolded protein binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / peptidase activity / regulation of cell population proliferation / cellular response to heat / cellular response to oxidative stress / midbody / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / cytoskeleton / cell cycle / protein ubiquitination / endosome / positive regulation of apoptotic process / cell division / protein phosphorylation / serine-type endopeptidase activity / centrosome / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / negative regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | |||||||||
![]() | Hunkeler, M. / Fischer, E.S. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of BIRC6-client complexes provide a mechanism of SMAC-mediated release of caspases. 著者: Moritz Hunkeler / Cyrus Y Jin / Eric S Fischer / ![]() 要旨: Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis ...Tight regulation of apoptosis is essential for metazoan development and prevents diseases such as cancer and neurodegeneration. Caspase activation is central to apoptosis, and inhibitor of apoptosis proteins (IAPs) are the principal actors that restrain caspase activity and are therefore attractive therapeutic targets. IAPs, in turn, are regulated by mitochondria-derived proapoptotic factors such as SMAC and HTRA2. Through a series of cryo-electron microscopy structures of full-length human baculoviral IAP repeat-containing protein 6 (BIRC6) bound to SMAC, caspases, and HTRA2, we provide a molecular understanding for BIRC6-mediated caspase inhibition and its release by SMAC. The architecture of BIRC6, together with near-irreversible binding of SMAC, elucidates how the IAP inhibitor SMAC can effectively control a processive ubiquitin ligase to respond to apoptotic stimuli. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 157.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 243.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27841MC ![]() 8e2dC ![]() 8e2eC ![]() 8e2fC ![]() 8e2gC ![]() 8e2hC ![]() 8e2iC ![]() 8e2jC C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 535317.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 35961.887 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Baculoviral IAP repeat-containing protein 6 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 1.174 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: added CHAPSO to 0.4 mM | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS 詳細: Data collection in counting mode, using multi-shot scheme (9 holes per stage position, 3 movies per hole) |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2100 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 60.659 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15309 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-
解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2049607 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73712 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|