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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8.0E+27 | |||||||||
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タイトル | RNA-free Human Dis3L2 | |||||||||
![]() | DIS3-like exonuclease 2 | |||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / 3'-5' exonuclease / RNA-free exonuclease / human exonuclease / RNA BIND PROTEIN-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / miRNA catabolic process / mitotic sister chromatid separation / : / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / poly(U) RNA binding / stem cell population maintenance / : / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity ...polyuridylation-dependent mRNA catabolic process / miRNA catabolic process / mitotic sister chromatid separation / : / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / poly(U) RNA binding / stem cell population maintenance / : / mRNA catabolic process / RNA nuclease activity / P-body / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / negative regulation of cell population proliferation / cell division / magnesium ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Meze, K. / Thomas, D.R. / Joshua-Tor, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A shape-shifting nuclease unravels structured RNA. 著者: Katarina Meze / Armend Axhemi / Dennis R Thomas / Ahmet Doymaz / Leemor Joshua-Tor / ![]() 要旨: RNA turnover pathways ensure appropriate gene expression levels by eliminating unwanted transcripts. Dis3-like 2 (Dis3L2) is a 3'-5' exoribonuclease that plays a critical role in human development. ...RNA turnover pathways ensure appropriate gene expression levels by eliminating unwanted transcripts. Dis3-like 2 (Dis3L2) is a 3'-5' exoribonuclease that plays a critical role in human development. Dis3L2 independently degrades structured substrates, including coding and noncoding 3' uridylated RNAs. While the basis for Dis3L2's substrate recognition has been well characterized, the mechanism of structured RNA degradation by this family of enzymes is unknown. We characterized the discrete steps of the degradation cycle by determining cryogenic electron microscopy structures representing snapshots along the RNA turnover pathway and measuring kinetic parameters for RNA processing. We discovered a dramatic conformational change that is triggered by double-stranded RNA (dsRNA), repositioning two cold shock domains by 70 Å. This movement exposes a trihelix linker region, which acts as a wedge to separate the two RNA strands. Furthermore, we show that the trihelix linker is critical for dsRNA, but not single-stranded RNA, degradation. These findings reveal the conformational plasticity of Dis3L2 and detail a mechanism of structured RNA degradation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 132.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96543.320 Da / 分子数: 1 / 変異: D391N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8IYB7, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Inactive RNA-free HsDis3L2 (D391N) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.1 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 160000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K |
撮影 | 平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 51.75 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4095 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3840 / 縦: 3712 / 動画フレーム数/画像: 25 / 利用したフレーム数/画像: 1-25 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3855: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 990287 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 162793 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: Chain A of PDB 4PMW (MmDis3L2) was fit into the map via rigid body fitting. Residues were then mutated to match the human protein and manual building done to correct for differences. Next ...詳細: Chain A of PDB 4PMW (MmDis3L2) was fit into the map via rigid body fitting. Residues were then mutated to match the human protein and manual building done to correct for differences. Next rounds of refinement and building were done in PHENIX and Coot, respectively, until the final structure was obtained. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4PMW PDB chain-ID: A / Accession code: 4PMW / Source name: PDB / タイプ: experimental model |