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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dwt | ||||||
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タイトル | SPOP W22R Form 2 | ||||||
要素 | Speckle-type POZ protein | ||||||
キーワード | ONCOPROTEIN / SPOP / ubiquitination / cullin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of proteolysis / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding ...regulation of proteolysis / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | ||||||
データ登録者 | Cuneo, M.J. / Mittag, T. / O'Flynn, B. / Lo, Y.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Higher-order SPOP assembly reveals a basis for cancer mutant dysregulation. 著者: Matthew J Cuneo / Brian G O'Flynn / Yu-Hua Lo / Nafiseh Sabri / Tanja Mittag / 要旨: The speckle-type POZ protein (SPOP) functions in the Cullin3-RING ubiquitin ligase (CRL3) as a receptor for the recognition of substrates involved in cell growth, survival, and signaling. SPOP ...The speckle-type POZ protein (SPOP) functions in the Cullin3-RING ubiquitin ligase (CRL3) as a receptor for the recognition of substrates involved in cell growth, survival, and signaling. SPOP mutations have been attributed to the development of many types of cancers, including prostate and endometrial cancers. Prostate cancer mutations localize in the substrate-binding site of the substrate recognition (MATH) domain and reduce or prevent binding. However, most endometrial cancer mutations are dispersed in seemingly inconspicuous solvent-exposed regions of SPOP, offering no clear basis for their cancer-causing and peculiar gain-of-function properties. Herein, we present the first structure of SPOP in its oligomeric form, uncovering several new interfaces important for SPOP self-assembly and normal function. Given that many previously unaccounted-for cancer mutations are localized in these newly identified interfaces, we uncover molecular mechanisms underlying dysregulation of SPOP function, with effects ranging from gross structural changes to enhanced self-association, and heightened stability and activity. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dwt.cif.gz | 698.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dwt.ent.gz | 590.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dwt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dwt_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dwt_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dwt_validation.xml.gz | 114.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dwt_validation.cif.gz | 176.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/8dwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/8dwt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42023.148 Da / 分子数: 12 / 変異: W22R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SPOP W22R Mutant (tetrameric form) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 400 mM NaCl, 5 mM DTT |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 69.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121000 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | |||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3HQI Accession code: 3HQI / Source name: PDB / タイプ: experimental model |