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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dtz | ||||||||||||||||||
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タイトル | Recombinant mouse RyR2 triple phosphonull mutant S2807A/S2813A/S2030A in complex with FKBP12.6 and nanodisc under closed-state conditions | ||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Ryanodine receptor / Calcium channel / Mutation / Triple mutant / RyR2 / Phosphorylation | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 manganese ion transmembrane transport / establishment of protein localization to endoplasmic reticulum / type B pancreatic cell apoptotic process / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / suramin binding / regulation of SA node cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / organic cyclic compound binding ...manganese ion transmembrane transport / establishment of protein localization to endoplasmic reticulum / type B pancreatic cell apoptotic process / Purkinje myocyte to ventricular cardiac muscle cell signaling / suramin binding / regulation of SA node cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / sarcoplasmic reticulum calcium ion transport / left ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / organic cyclic compound binding / regulation of AV node cell action potential / calcium-induced calcium release activity / Stimuli-sensing channels / Ion homeostasis / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / ventricular cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sequestering of calcium ion / cyclic nucleotide binding / negative regulation of calcium-mediated signaling / cardiac muscle hypertrophy / embryonic heart tube morphogenesis / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / calcium ion transport into cytosol / ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / neuronal action potential propagation / response to muscle activity / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / response to caffeine / A band / response to redox state / protein maturation by protein folding / calcium ion transmembrane import into cytosol / 'de novo' protein folding / positive regulation of heart rate / negative regulation of heart rate / FK506 binding / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of axon regeneration / cellular response to caffeine / protein kinase A regulatory subunit binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / channel regulator activity / protein kinase A catalytic subunit binding / response to magnesium ion / positive regulation of the force of heart contraction / intracellularly gated calcium channel activity / detection of calcium ion / smooth muscle contraction / response to vitamin E / smooth endoplasmic reticulum / calcium channel inhibitor activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / striated muscle contraction / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / T cell proliferation / Ion homeostasis / release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of cytosolic calcium ion concentration / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel complex / cellular response to epinephrine stimulus / response to muscle stretch / sarcomere / regulation of heart rate / sarcoplasmic reticulum / establishment of localization in cell / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calcium ion transmembrane transport / calcium-mediated signaling / calcium channel activity / response to hydrogen peroxide / Stimuli-sensing channels / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / response to calcium ion / calcium ion transport / monoatomic ion transmembrane transport / nuclear envelope / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein refolding / scaffold protein binding / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / calmodulin binding / signaling receptor binding / calcium ion binding / protein kinase binding / enzyme binding / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Iyer, K.A. / Hu, Y. / Murayama, T. / Samso, M. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Recombinant mouse RyR2 triple phosphonull mutant S2807A/S2813A/S2030A in complex with FKBP12.6 and nanodisc under closed-state conditions 著者: Hu, Y. / Iyer, K.A. / Nayak, A.R. / Eltit, J.M. / Kurebayashi, N. / Murayama, T. / Samso, M. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dtz.cif.gz | 2.8 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dtz.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8dtz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dtz_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dtz_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8dtz_validation.xml.gz | 393.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dtz_validation.cif.gz | 606.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/8dtz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27712MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 565488.062 Da / 分子数: 4 / 変異: S2807A, S2813A, S2030A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ryr2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E9Q401 #2: タンパク質 | 分子量: 11667.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP1B, FKBP12.6, FKBP1L, FKBP9, OTK4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68106, peptidylprolyl isomerase #3: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Recombinant mouse RyR2 triple phosphonull mutant S2807A/S2813A/S2030A in complex with FKBP12.6 and nanodisc under closed-state conditions タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 2.26 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4.16 sec. / 電子線照射量: 52.95 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5557 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1589163 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 136874 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6WOU Accession code: 6WOU / Source name: PDB / タイプ: experimental model |