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万見
- PDB-8dpm: Structure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 9.20.1A2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dpm
タイトルStructure of EBOV GP lacking the mucin-like domain with 9.20.1A2 Fab and 6D6 scFv bound
要素
  • (Antibody 9.20.1A2 Fab ...) x 2
  • (Glycoprotein ...) x 2
  • Antibody 6D6 scFv
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / Antibody / Viral protein / glycoprotein / immune system / Ebola virus / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...host cell endoplasmic reticulum / viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / membrane raft / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / lipid binding / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus - Mayinga (エボラウイルス)
Zaire
1976
Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Yu, X. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142790 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF 1531991 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: The evolution and determinants of neutralization of potent head-binding antibodies against Ebola virus.
著者: Xiaoying Yu / Kathryn M Hastie / Carl W Davis / Ruben Diaz Avalos / Dewight Williams / Diptiben Parekh / Sean Hui / Colin Mann / Chitra Hariharan / Ayato Takada / Rafi Ahmed / Erica Ollmann Saphire /
要旨: Monoclonal antibodies against the Ebola virus (EBOV) surface glycoprotein are effective treatments for EBOV disease. Antibodies targeting the EBOV glycoprotein (GP) head epitope have potent ...Monoclonal antibodies against the Ebola virus (EBOV) surface glycoprotein are effective treatments for EBOV disease. Antibodies targeting the EBOV glycoprotein (GP) head epitope have potent neutralization and Fc effector function activity and thus are of high interest as therapeutics and for vaccine design. Here we focus on the head-binding antibodies 1A2 and 1D5, which have been identified previously in a longitudinal study of survivors of EBOV infection. 1A2 and 1D5 have the same heavy- and light-chain germlines despite being isolated from different individuals and at different time points after recovery from infection. Cryoelectron microscopy analysis of each antibody in complex with the EBOV surface GP reveals key amino acid substitutions in 1A2 that contribute to greater affinity, improved neutralization potency, and enhanced breadth as well as two strategies for antibody evolution from a common site.
履歴
登録2022年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Glycoprotein GP1
G: Glycoprotein GP2
H: Antibody 6D6 scFv
I: Antibody 9.20.1A2 Fab heavy chain
J: Antibody 9.20.1A2 Fab light chain
A: Glycoprotein GP1
B: Glycoprotein GP2
C: Antibody 6D6 scFv
D: Antibody 9.20.1A2 Fab heavy chain
E: Antibody 9.20.1A2 Fab light chain
K: Glycoprotein GP1
L: Glycoprotein GP2
M: Antibody 6D6 scFv
N: Antibody 9.20.1A2 Fab heavy chain
O: Antibody 9.20.1A2 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,31621
ポリマ－293,43315
非ポリマー3,8836
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Glycoprotein ... , 2種, 6分子 FAKGBL

#1: タンパク質 Glycoprotein GP1


分子量: 31297.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: GP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q05320
#2: タンパク質 Glycoprotein GP2


分子量: 15335.362 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)
遺伝子: GP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: A0A0E3H7K2

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抗体 , 3種, 9分子 HCMIDNJEO

#3: 抗体 Antibody 6D6 scFv


分子量: 25853.459 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#4: 抗体 Antibody 9.20.1A2 Fab heavy chain


分子量: 13340.016 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 Antibody 9.20.1A2 Fab light chain


分子量: 11985.138 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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糖 , 2種, 6分子

#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of Ebola virus glycoprotein trimer with 1A2 antibody Fab and 6D6 antibody scFvCOMPLEX#1-#50RECOMBINANT
2Antibody 9.20.1A2 FabCOMPLEX#4-#51RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 (エボラウイルス)128952
32Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227
32Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 81175 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00217391
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.38923613
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.2536243
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0382628
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0033000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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