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- PDB-8dp5: Structure of the PEAK3/14-3-3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dp5
タイトルStructure of the PEAK3/14-3-3 complex
要素
  • 14-3-3 protein beta/alpha
  • 14-3-3 protein epsilon
  • Protein PEAK3
  • Protein PEAK3 fragment
キーワードSIGNALING PROTEIN / complex / pseudokinase / kinase / adapter
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell growth involved in contact inhibition / regulation of heart rate by hormone / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of hippo signaling / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / regulation of membrane repolarization / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / protein localization to endoplasmic reticulum / NADE modulates death signalling ...negative regulation of cell growth involved in contact inhibition / regulation of heart rate by hormone / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of hippo signaling / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / regulation of membrane repolarization / negative regulation of toll-like receptor signaling pathway / protein localization to endoplasmic reticulum / NADE modulates death signalling / MTOR signalling / regulation of cell motility / ARMS-mediated activation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / Signaling by Hippo / regulation of potassium ion transmembrane transport / vacuolar membrane / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of protein import into nucleus / protein phosphatase inhibitor activity / Frs2-mediated activation / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / protein kinase inhibitor activity / regulation of heart rate by cardiac conduction / intracellular potassium ion homeostasis / Regulation of localization of FOXO transcription factors / mTORC1-mediated signalling / Activation of BAD and translocation to mitochondria / phosphoserine residue binding / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / potassium channel regulator activity / HSF1 activation / protein localization to nucleus / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein targeting / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / calcium channel inhibitor activity / RHO GTPases activate PKNs / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / transcription repressor complex / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / signaling adaptor activity / substantia nigra development / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of mitotic cell cycle / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of protein export from nucleus / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of actin cytoskeleton organization / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / hippocampus development / calcium channel regulator activity / protein sequestering activity / phosphoprotein binding / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / cerebral cortex development / mitochondrial membrane / neuron migration / histone deacetylase binding / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / intracellular protein localization / MHC class II protein complex binding / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / MAPK cascade / regulation of cell shape / cellular response to heat / actin cytoskeleton / scaffold protein binding / protein phosphatase binding / transmembrane transporter binding / protein kinase activity / intracellular signal transduction / cadherin binding / protein heterodimerization activity / protein domain specific binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
: / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily ...: / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein beta/alpha / 14-3-3 protein epsilon / Protein PEAK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Torosyan, H. / Paul, M. / Jura, N. / Verba, K.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Other governmentQBI Independent Research Fellowship
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)U54 CA209891 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM139636 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into regulation of the PEAK3 pseudokinase scaffold by 14-3-3.
著者: Hayarpi Torosyan / Michael D Paul / Antoine Forget / Megan Lo / Devan Diwanji / Krzysztof Pawłowski / Nevan J Krogan / Natalia Jura / Kliment A Verba /
要旨: PEAK pseudokinases are molecular scaffolds which dimerize to regulate cell migration, morphology, and proliferation, as well as cancer progression. The mechanistic role dimerization plays in PEAK ...PEAK pseudokinases are molecular scaffolds which dimerize to regulate cell migration, morphology, and proliferation, as well as cancer progression. The mechanistic role dimerization plays in PEAK scaffolding remains unclear, as there are no structures of PEAKs in complex with their interactors. Here, we report the cryo-EM structure of dimeric PEAK3 in complex with an endogenous 14-3-3 heterodimer. Our structure reveals an asymmetric binding mode between PEAK3 and 14-3-3 stabilized by one pseudokinase domain and the SHED domain of the PEAK3 dimer. The binding interface contains a canonical phosphosite-dependent primary interaction and a unique secondary interaction not observed in previous structures of 14-3-3/client complexes. Additionally, we show that PKD regulates PEAK3/14-3-3 binding, which when prevented leads to PEAK3 nuclear enrichment and distinct protein-protein interactions. Altogether, our data demonstrate that PEAK3 dimerization forms an unusual secondary interface for 14-3-3 binding, facilitating 14-3-3 regulation of PEAK3 localization and interactome diversity.
履歴
登録2022年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein PEAK3
B: Protein PEAK3
C: 14-3-3 protein beta/alpha
D: 14-3-3 protein epsilon
E: Protein PEAK3 fragment
P: Protein PEAK3 fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,9116
ポリマ－266,9116
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Protein PEAK3


分子量: 52357.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEAK3, C19orf35 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZS72
#2: タンパク質 14-3-3 protein beta/alpha / Protein 1054 / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 28114.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31946
#3: タンパク質 14-3-3 protein epsilon / 14-3-3E


分子量: 29208.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAE / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62258
#4: タンパク質 Protein PEAK3 fragment


分子量: 52437.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PEAK3, C19orf35 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZS72
構成要素の詳細The authors state that chains E and P are part of Chains A and B. However, because they cannot ...The authors state that chains E and P are part of Chains A and B. However, because they cannot resolve a large portion of the N-terminal segments of Chain A and B and therefore the connectivity between these two sets of chains, they cannot with confidence assign Chain E residues to Chains A or B and the same with Chain P residues.
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex between PEAK3 and 14-3-3 epsilon, beta / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.1618 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
詳細: A final concentration of 0.1% of Octyl-beta-Glucoside (C14H28O6) was added to the sample before freezing.
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris BaseNH2C(CH2OH)31
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
32 mMDithiothreitolC4H10O2S21
42 mMMagnesium ChlorideMgCl21
試料濃度: 1.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278.15 K / 詳細: blot time = 7s blot force = 4

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 69 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC2.15粒子像選択
2SerialEM3.8.6画像取得
3DigitalMicrograph3.31.2359.0画像取得
5cryoSPARC2.15CTF補正
10cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
12cryoSPARC2.15分類
13cryoSPARC2.15３次元再構成
14Coot0.9.6モデル精密化
15ISOLDE1.2.1モデル精密化
16Rosetta3モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 169563 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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