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万見
- PDB-8do6: The structure of S. epidermidis Cas10-Csm bound to target RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8do6
タイトルThe structure of S. epidermidis Cas10-Csm bound to target RNA
要素
  • (CRISPR system Cms protein ...) x 3
  • CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
  • Target RNA
  • crRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR / Cas10 / Type III / Csm / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / defense response to virus / hydrolase activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Csm4, C-terminal / CRISPR Csm4 C-terminal domain / CRISPR-associated protein Csm5 / CRISPR-associated RAMP Csm3 / CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / : / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / : / CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR system Cms protein Csm4 / CRISPR system Cms protein Csm5
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Paraan, M. / Stagg, S.M. / Dunkle, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM142966 米国
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2023
タイトル: The structure of a Type III-A CRISPR-Cas effector complex reveals conserved and idiosyncratic contacts to target RNA and crRNA among Type III-A systems.
著者: Mohammadreza Paraan / Mohamed Nasef / Lucy Chou-Zheng / Sarah A Khweis / Allyn J Schoeffler / Asma Hatoum-Aslan / Scott M Stagg / Jack A Dunkle /
要旨: Type III CRISPR-Cas systems employ multiprotein effector complexes bound to small CRISPR RNAs (crRNAs) to detect foreign RNA transcripts and elicit a complex immune response that leads to the ...Type III CRISPR-Cas systems employ multiprotein effector complexes bound to small CRISPR RNAs (crRNAs) to detect foreign RNA transcripts and elicit a complex immune response that leads to the destruction of invading RNA and DNA. Type III systems are among the most widespread in nature, and emerging interest in harnessing these systems for biotechnology applications highlights the need for detailed structural analyses of representatives from diverse organisms. We performed cryo-EM reconstructions of the Type III-A Cas10-Csm effector complex from S. epidermidis bound to an intact, cognate target RNA and identified two oligomeric states, a 276 kDa complex and a 318 kDa complex. 3.1 Å density for the well-ordered 276 kDa complex allowed construction of atomic models for the Csm2, Csm3, Csm4 and Csm5 subunits within the complex along with the crRNA and target RNA. We also collected small-angle X-ray scattering data which was consistent with the 276 kDa Cas10-Csm architecture we identified. Detailed comparisons between the S. epidermidis Cas10-Csm structure and the well-resolved bacterial (S. thermophilus) and archaeal (T. onnurineus) Cas10-Csm structures reveal differences in how the complexes interact with target RNA and crRNA which are likely to have functional ramifications. These structural comparisons shed light on the unique features of Type III-A systems from diverse organisms and will assist in improving biotechnologies derived from Type III-A effector complexes.
履歴
登録2022年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
G: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
F: CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
I: crRNA
J: Target RNA
C: CRISPR system Cms protein Csm2
D: CRISPR system Cms protein Csm2
B: CRISPR system Cms protein Csm4
H: CRISPR system Cms protein Csm5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)205,2179
ポリマ－205,2179
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 EGF

#1: タンパク質 CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3 / CRISPR type III A-associated RAMP protein Csm3


分子量: 24033.975 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: SERP2459
発現宿主: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q5HK91

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RNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#2: RNA鎖 crRNA


分子量: 11895.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
発現宿主: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
#3: RNA鎖 Target RNA


分子量: 13599.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)

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CRISPR system Cms protein ... , 3種, 4分子 CDBH

#4: タンパク質 CRISPR system Cms protein Csm2 / CRISPR type III A-associated protein Csm2


分子量: 16809.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
遺伝子: csm2, E1M97_06325, E1M99_06625
発現宿主: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
参照: UniProt: A0A8G7QML1
#5: タンパク質 CRISPR system Cms protein Csm4


分子量: 34551.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: SERP2458
発現宿主: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q5HK92
#6: タンパク質 CRISPR system Cms protein Csm5 / CRISPR type III A-associated protein Csm5


分子量: 39449.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: SERP2457
発現宿主: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
参照: UniProt: Q5HK93

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cas10-Csm complex bound to target RNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.3 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
由来(組換発現)生物種: Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
150 mMTris-HCl1
2150 mMNaCl1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1500 nm / Cs: 0.001 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 92 K / 最低温度: 78 K
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 44.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5000
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2Leginon画像取得
13cryoSPARC３次元再構成
画像処理詳細: All processing was done in cryoSPARC 2.
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 1400000 / 詳細: Using Topaz as implemented in cryoSPARC.
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 122000 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 71.07 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00513340
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.669618234
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04272052
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00452120
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.30712290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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